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简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言，它能够很好的管理生信流程，并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用，可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移，并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的
系统设置命令 获取系统标签 添加系统标签 删除系统标签 获取系统资源 购买计算资源 删除计算资源节点 修改计算资源 修改性能加速资源 查询消息及已完成作业保留设置 修改消息及已完成作业保留配置 获取供应商logo和名称设置 修改供应商logo和名称配置 获取系统配额信息 获取消息中心消息列表
介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台完成NGS流程的搭建，并执行成功，然后在“分析作业”页面导出作业信息.yaml文件。 方式二 使用命令行工具完成NGS流程的搭建，进而获取相应的配置文件。详细的操作请参见命令行工具。 使用switch命令进入NGS流程所在的项目。
分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成，应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义，包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。 单击参数名称，可查看参数的详细信息。
系统管理 计算资源扩缩容 计算资源管理 数据库资源管理 用户管理 作业清理配置 标签管理 消息中心管理 节点标签管理 医疗平台信息获取 性能加速资源管理 资源监控数据获取 存储资源查询 系统配置和供应商配置 系统配额及资源使用情况获取 父主题： API（医疗智能体平台）
上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。 可以将应用拖拽至画布中，并进行编排创建。 可以将流程放置到画布中进行编排修改。 可通过“概览”展示流程的结构图。 可通过
h平台并生成数据库。同时，除了自定义数据库外，支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时，数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架，可通过数据库模板灵活的定义数据结构，描述数据及其关系。数据库以项目为粒度进行资源的隔离和访问控制，不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。
上传大于1GB数据 当数据过大，或者数据处于服务器上时，页面传输并不是很方便，所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令，将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
态为运行中。后续task运行成功或失败，作业状态都显示失败。可参考作业投递后处于运行中，运行过程正常，但是最后超时失败进行处理。 如果性能加速节点不可用或作业配额不足，重试作业时，超过配额的作业会重试失败。 图1 分析作业 图2 作业搜索 父主题： 作业管理
IoAccInfoDto 参数 参数类型 描述 id String io加速实例id type String io加速实例类型 space Integer io加速实例总容量 free_space Double io加速实例空闲容量 请求示例 无 响应示例 状态码： 200 OK {
动力学模拟程序，具有高性能、模块化等特性，是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持，已经实现自由能微扰加速10倍以上。测试 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
动力学模拟程序，具有高性能、模块化等特性，是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持，已经实现自由能微扰加速10倍以上。 父主题： 盘古辅助制药平台
&& make install 按Esc键，并执行:wq保存并退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10 . 制作gatk-haplotypecaller镜像 在本地搭建Docker环境。 要求安装的容器引擎版本必须为1
Failed 未满足前提条件，服务器未满足请求者在请求中设置的其中一个前提条件。 413 Request Entity Too Large 由于请求的实体过大，服务器无法处理，因此拒绝请求。为防止客户端的连续请求，服务器可能会关闭连接。如果只是服务器暂时无法处理，则会包含一个Retry-After的响应信息。
镜像 如何搭建Docker环境？ 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传？
运行作业 方式1：使用预置的NGS流程 方式2：使用预置应用搭建NGS流程 方式3：自定义镜像运行FastQC流程
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
作业依赖的组件信息 io_acc_id String 作业使用的IO加速实例id，不填表示不使用； io_acc_expected_usage Integer 作业使用的SFS-Turbo实例预期占用存储量，单位G，用于投递作业时评估当前加速实例余量是否充足 still_running_tasks
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后，在医疗智能体平台搭建NGS流程，执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台虚
快照方式制作镜像示例： 本示例中使用华为云弹性云服务器服务（ECS）创建一台云服务器，并使用快照方式制作bwa镜像。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后，在云服务器列表页，选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”，输入ECS初始账号，登录ECS。 图1 云服务器列表 安装容器引擎。 启动一个空白的基础容器，并进入容器。
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