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态为运行中。后续task运行成功或失败,作业状态都显示失败。可参考作业投递后处于运行中,运行过程正常,但是最后超时失败进行处理。 如果性能加速节点不可用或作业配额不足,重试作业时,超过配额的作业会重试失败。 图1 分析作业 图2 作业搜索 父主题: 作业管理
IoAccInfoDto 参数 参数类型 描述 id String io加速实例id type String io加速实例类型 space Integer io加速实例总容量 free_space Double io加速实例空闲容量 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 OK {
工具管理简介 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
作业依赖的组件信息 io_acc_id String 作业使用的IO加速实例id,不填表示不使用; io_acc_expected_usage Integer 作业使用的SFS-Turbo实例预期占用存储量,单位G,用于投递作业时评估当前加速实例余量是否充足 still_running_tasks
运行步骤如下所示。 环境配置:加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。 读取配置文件:通过json文件配置输入和输出路径。 模型训练:针对提供的数据和模型参数,AutoGenome会搜索得到最优的神经网络结构。训练过程经过模型搜索阶段和模型训练阶段,在模型搜索阶段,根据js
个字符。若单级名称长度未超过255个字符请联系技术支持。 解决方案 单级目录名称长度超过255个字符。 不使用SFS或者EVS加速。 若必须进行IO加速,则更改输入文件的路径为单级目录名称不超过255字符的路径。 若单级名称长度未超过255个字符请联系技术支持。 场景7 同时复制多个文件,日志中显示cp:
EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook的详细操作指导,请参见Jupyter
使用Unix管道技术连接比对和排序步骤,以缩短bwa和samtools的存放、读取、删除中间文件的时间。 流程针对GATK4中的限速步骤,进行了系统的优化加速。流程从contig-file中提取contig,根据contig下发对应的任务,并依据不同任务,指定并行下发的任务数,以降低流程整体的运行时间。
设置参数信息 引擎:对接引擎支持DSDP,AutoDock Vina和Similar Docking。DSDP是由北大高毅勤团队研发的基于GPU加速的对接方法,支持全局对接。 如果对接引擎选择Similar Docking,不需设置口袋信息,但需要为每一个靶点上传一个“模板配体文件”。
Hub获取bwa软件(用于将基因序列比对到参考基因组上)。 以下类型镜像,建议您通过Docker Hub获取,不建议自己制作。 基础操作系统类镜像,如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像,如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像,如Tomcat、Mysql、Ngnix等。
并运行作业。以二代基因组分析流程:fastp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装,将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用,不用担心复杂的开发环境问题。 流程是由1各或者N个应用串联构建而成,平
目、数据等资产。这些信息的处理将遵循您已接收的《华为云用户协议》及《隐私政策声明》约束。 下载地址中带有sha256后缀的链接,指的是对应软件包的校验文件。例如:Windows x64版本的下载链接是health-windows-x86_64 ,它的校验文件下载链接则是health-windows-x86_64
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1],单个标签最大长度63字符 最小长度:1 最大长度:63 数组长度:0 - 1 io_acc_id 否 String 自动作业使用的IO加速实例id,不填表示不使用 最小长度:0 最大长度:128 tasks 否 Array of JobTaskDto objects 自动作业依赖的流程信息
速为药物研究和临床试验提供方向。 药物筛选通常分为靶点蛋白确定、候选药物小分子筛选、试验验证、临床验证四大阶段。 计算机辅助技术可以极快地加速前两个阶段,利用同源建模和分子动力学模拟,从病毒蛋白一级序列快速获得病毒蛋白3D结构,并且依托云端算力实现大规模筛选和成药性分析,从万级的
resources 否 TaskResourceDto object 应用申请资源 io_acc_type 否 String 子任务使用的IO加速实例类型,不填表示不使用; 最小长度:0 最大长度:128 表5 TaskParameterDto 参数 是否必选 参数类型 描述 name
基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装,应用既可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用,创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成,流程中的各个应
Array of strings 节点标签 取值范围[0,1],单个标签最大长度63字符 io_acc_id String 自动作业使用的IO加速实例id,不填表示不使用 tasks Array of TaskDefinitionDto objects 自动作业依赖的流程信息 表4 DatabaseTriggerDto
1],单个标签最大长度63字符 最小长度:1 最大长度:63 数组长度:0 - 1 io_acc_id 否 String 自动作业使用的IO加速实例id,不填表示不使用 最小长度:0 最大长度:128 tasks 否 Array of JobTaskDto objects 自动作业依赖的流程信息