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数据管理常用操作 复制数据 下载数据 删除数据 查看3D 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据
解除引用 下载数据 禁止/允许删除数据 删除数据 恢复数据 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限,详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称,不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据拷贝、数据
参数类型 描述 source String 文件来源,支持用户私有数据中心、公共数据和源数据。 最小长度:1 最大长度:8 url String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format String 文件格式,支
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。
name String 模型名称。 id String 模型ID。 type String 模型类型。 create_time String 模型创建时间。 finish_time String 模型结束时间。 creator String 创建模型的用户名称。 status String
--url -u 否 获取打开notebook的地址。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 获取notebook列表
创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像,依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务,参考步骤1.连接容器镜像服务操作,然后使用如下的镜像地址拉取基础镜像。
而快速为药物研究和临床试验提供方向。 药物筛选通常分为靶点蛋白确定、候选药物小分子筛选、试验验证、临床验证四大阶段。 计算机辅助技术可以极快地加速前两个阶段,利用同源建模和分子动力学模拟,从病毒蛋白一级序列快速获得病毒蛋白3D结构,并且依托云端算力实现大规模筛选和成药性分析,从万
流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。 图1 流程设计器界面 表1 界面说明 区域 说明 工具栏 上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。
作业状态 运行中:作业创建成功,执行中。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。“运行中”的作业允许取消、克隆。 失败:作业运行失败。可单击作业名称,进入详情页查看运行失败原因。失败的作业允许重试、删除、克隆。 成功:作业运行成功。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。成功的作业允许删除、克隆。
n。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 应用名称 目标应用名称 取值范围:长度为[1,56],以大小写字母开头,允许出现中划线(-)、下划线(_)、小写字母和数字,且必须以大小写字母或数字结尾。
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2
创建自动作业 在“作业”页面左侧,单击“自动作业”页签。 在页面左上角单击“新建自动作业”。 设置作业基本信息,包括“名称”、“描述”、“数据表”、“流程名称”、“作业状态更新”。 “作业状态更新”中可选“选择已有列”或“新建一列”。 选择“选择已有列”时,需要选择已有列名,已
两种格式,特殊id:{流程名称}::{流程版本}::{源项目名称};正常id:流程id 最小长度:1 最大长度:135 tool_type 是 String 作业依赖的组件类型,仅支持填写workflow job_name 是 String 作业的名称,取值范围:[1,63],允
exists. 请检查相同名称和版本的应用是否已存在。 409 eihealth.01050103 A workflow with the same name ({0}) and version ({1}) already exists. 请检查相同名称和版本的流程是否已存在。 409
在弹出的作业设置页面,填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”,选择需要执行的流程,设置“输出路径”、“优先级”、“计算节点标签”、“超时时间”、“加速类型”。设置完成后单击“确定”。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 流程名称:显示已创建的流程名称,不可编辑。 输出路径:存放输
两种格式,特殊id:{流程名称}::{流程版本}::{源项目名称};正常id:流程id 最小长度:1 最大长度:135 tool_type 是 String 作业依赖的组件类型,仅支持填写workflow job_name 是 String 作业的名称,取值范围:[1,63],允
将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构 功能介绍 将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/complex-combine
图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 单击“确定”,保存作业信息。 配置输入和依赖数据 NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置数据前,请先参考上传数据,上传原始Fastq文件和依赖数据。 如果在创建应用时打开了“并发”开关,可以设置多个参数值,批量执行作业。
表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用,并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时间,可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定