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STAR-CCM+使用OpenMPI启动时,命令中有"-x"和"--mca"导致启动失败 问题现象: STAR-CCM+使用OpenMPI启动时候命令中同时有"-x"和"--mca"会启动失败,OpenMPI不支持"-x"参数和"--mca"同时使用,报错如下图所示。 解决方案: 1
弹性云服务器场景最佳实践 HPC断点续算计算方案 基于STAR-CCM+部署HPC集群
配置节点互信 配置节点互信免密登录 STAR-CCM+集群运行时候需要跨节点运行,推荐使用互信免密登录。 # 生成ssh公钥和私钥 ssh-key-gen # 拷贝公钥到指定主机的~/.ssh/authorized_key文件中 ssh-copy-id root@目标主机IP 例如:ssh-copy-id
配置单个ECS免密登录 操作场景 该任务指导用户在单个弹性云服务器内执行相关配置,使其可以免密登录。 背景信息 $:表示在普通用户下,执行相关操作。 #:表示在管理员用户下,执行相关操作。 普通用户切换至管理员用户,请使用命令sudo su。 前提条件 已成功创建弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。
/etc/hosts 添加的内容为集群中所有ECS的私网IP地址和主机名,例如: 192.168.0.1 ecs-ff-0001 192.168.0.2 ecs-ff-0002 .. 执行以下命令,ssh方式登录本节点,验证是否可以不输入密码登录ECS。其中hostname1为本主机名。 $ ssh
基于STAR-CCM+部署HPC集群 方案概述 资源和成本规划 STAR-CCM+部署HPC集群流程图 实施步骤 附录 父主题: 弹性云服务器场景最佳实践
按需发放,快速部署与扩容,加速产品上市时间和缩短科研周期。 使用灵活 在镜像模板中预制MPI库、编译库及优化配置,加快环境部署。 企业分支、科研组织机构等跨全球地理位置进行及时协同工作,提高效率。 可以利用公有云的跨地域能力,共享计算资源,海量数据,并能实现云端大数据分析。 优化性能 性能比普通云服务器大幅提升。
Turbo提供按需扩展的高性能文件存储(NAS),可为云上多个弹性云服务器(Elastic Cloud Server,ECS),容器(CCE&CCI),裸金属服务器(BMS)提供共享访问,能够弹性伸缩至320TB规模,具备高可用性和持久性,为海量的小文件、低延迟高IOPS型应用提供有力支持。
qstat -f 作业ID 如图5所示,作业运行了3分03秒。由此可以看出,作业是从断点的位置进行续算的。 图5 中断后运行作业信息 父主题: 弹性云服务器场景最佳实践
依次登录集群中其他BMS,重复执行步骤1~5。 执行以下命令,验证参加测试的BMS之间是否可以免密码互相登录。 $ ssh 用户名@SERVER_IP 父主题: 裸金属服务器场景典型应用
在HPC集群上运行MPI应用(鲲鹏BMS场景) 该任务指导以CentOS 7.6的操作系统为例在集群上运行MPI应用。 安装和使用IB驱动自带的Open MPI 安装和使用社区OpenMPI 安装和使用MPICH 父主题: 裸金属服务器场景典型应用
附录 常见问题 主要概念 父主题: 基于STAR-CCM+部署HPC集群
通讯录安装 Udapl安装和测试 Udapl安装 cd /root wget https://linux.mellanox.com/public/repo/mlnx_ofed/4.1-1.0.2.0/SRPMS/dapl-2.1.10mlnx-OFED.3.4.2.1.0.41102
实施步骤 创建HPC私有镜像 创建弹性云服务器 配置节点互信 创建SFS Turbo 挂载共享目录 通讯录安装 MPI安装 STAR-CCM+安装与运行 父主题: 基于STAR-CCM+部署HPC集群
在HPC集群上运行Spectrum MPI 在HPC集群上运行Intel MPI 在HPC集群上运行Platform MPI 父主题: 弹性云服务器场景典型应用
主要概念 RDMA RoCE 父主题: 附录
常见问题 RoCE网络问题 STAR-CCM+启动相关问题 父主题: 附录
判断系统是否开启超线程。 通过查询系统的物理核数和逻辑核数的关系可以判断是否开启多线程,如果:逻辑核数 = 物理核数,说明没有开超线程;逻辑核数 = 2*物理核数,说明系统开启了多线程。 Linux系统可以通过查询/proc/cpuinfo文件得到和cpu相关的信息,所需要参数解释如下: cat
登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,添加hosts配置文件。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名,例如: 192.168.0.1 bms-0004 192.168.0.2 bms-0005 ... 执行以下命令,添加hostfile文件。
挂载共享目录 安装软件 yum install nfs-utils 挂载SFS Turbo 将SFS Turbo挂载到/opt/Siemens目录 mkdir /opt/Siemens # 在/etc/fstab中添加开启自动挂载 echo "192.168.0.15:/ /opt/Siemens