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约束与限制 使用区域限制 医疗智能体目前支持的区域为“华北-北京四”、“华东-上海一”、华南-广州。 盘古辅助制药平台仅在“华东-上海一”支持。 不同区域云服务产品之间内网互不相通;请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。 平台用户权限限制 EIHealth平台
None 医学文本标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行数据管理和标注 07:08 医学文本管理和标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行团队标注 05:44 医学文本团队标注 药物虚拟筛选 医疗智能体 EIHealth 药物虚拟筛选
配置OBS访问权限 OBS服务 OBS全称Object Stroage Service(对象存储服务),提供海量、安全、高可靠、低成本的数据存储能力,可供用户存储任意类型和大小的数据。 宫颈癌细胞病理筛查API支持直接使用华为云OBS服务进行数据的存储,以减少服务使用成本,降低服务的响应时长,提升服务使用的体验。
创建自动作业 针对存在需要批量创建分析作业的场景,您可以选择创建自动作业。 在“自动作业”页签,您可以查看已创建的自动作业,包含作业名称、状态、数据表、创建者、创建时间;在操作列,您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作,运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
配额说明 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》
项目审计管理 创建项目 获取项目列表 更新项目 删除项目 获取项目详情 更新或者添加项目成员角色 移除项目成员 转移项目 批量删除项目成员 获取项目审计日志追踪器 更新项目审计日志追踪器配置 获取项目审计日志 获取指定审计日志 下载近一万条审计日志 父主题: 项目管理
创建分析作业 创建分析作业有以下几种不同的方式,您可以任选其中一种方式。 通过“新建流程”时创建 通过“作业”页面创建 •新建作业 •克隆作业 通过“工具”页面创建 通过“上传作业”创建 如果在创建应用时打开了“并发”开关,可以设置多个参数值,批量执行作业。 可通过在“系统资源 >
关键概念 镜像 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平
约束与限制 您能创建的EIHealth资源的数量与配额有关系,具体请参见服务配额。 更详细的限制请参见具体API的说明。 父主题: 使用前必读
工具管理 工具管理简介 新建应用 导入应用 上传应用 发布应用 编辑应用 创建FastQC应用样例 新建流程 流程设计器 导入流程 上传流程 发布流程 添加分类标签 下载应用或流程 父主题: 用户指南(基因平台)
概述 欢迎使用医疗智能体(EIHealth)平台,该服务基于华为云AI和大数据技术优势,为基因组分析、药物研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。平台提供大量相关模型、算法及数据资源,是一站式的医疗研发平台。EIHealth以开放API的方式提供给用户,您可以根据本文档提供
终端节点 终端节点(Endpoint)即调用API的请求地址,不同服务不同区域的终端节点不同,您可以从地区和终端节点中查询服务的终端节点。 医疗智能体平台的终端节点如表1所示,药物设计、临床研究的终端节点如表2所示,请您根据业务需要选择对应区域的终端节点。 表1 终端节点(医疗智能体平台API)
基本概念 账号 用户注册华为云时的账号,账号对其所拥有的资源及云服务具有完全的访问权限,可以重置用户密码、分配用户权限等。由于账号是付费主体,为了确保账号安全,建议您不要直接使用账号进行日常管理工作,而是创建用户并使用创建的用户进行日常管理工作。 用户 由账号在IAM中创建的用户
EIHealth流程管理命令 流程配置文件说明 创建流程 修改流程 查询流程 删除流程 导入流程
系统设置命令 获取系统标签 添加系统标签 删除系统标签 获取系统资源 购买计算资源 删除计算资源节点 修改计算资源 修改性能加速资源 查询消息及已完成作业保留设置 修改消息及已完成作业保留配置 获取供应商logo和名称设置 修改供应商logo和名称配置 获取系统配额信息 获取消息中心消息列表
Nextflow作业管理命令 启动作业 查询作业 删除指定作业 重试作业 停止作业 获取任务信息
Nexflow流程管理命令 创建流程 修改流程 查询流程详情 删除流程
配置命令行工具 步骤1:获取认证信息 步骤2:获取命令行工具 步骤3:初始化配置
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台