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EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建应用,创建好的应用将同步显示到EIHealth平台。
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2 下载小分子构想数据
术优势,为基因组分析、药物研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。平台提供大量相关模型、算法及数据资源,是一站式的医疗研发平台。EIHealth以开放API的方式提供给用户,您可以根据本文档提供的API来使用服务,支持的全部API请参见API概览。 在调用医疗智能体平台AP
score Number 分子与蛋白质的打分 表7 CustomProp 参数 参数类型 描述 id String 自定义属性的ID(API侧) 最小长度:1 最大长度:64 prop_definition PropDefinition object 属性定义的元信息 表8 PropDefinition
作业配置文件说明 流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。 获取作业模板
除操作。 编辑 选择已创建成功的流程,单击操作列的“编辑”,进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改,您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程文件后的“下载”,可下载该流程文件。 下载流程参数
管理作业 在“作业中心”页签,您可以查看已创建的作业。在操作列,您可以对已创建的作业执行克隆、删除操作。支持对等待中的作业进行取消操作,取消后作业不计费,运行中的作业不能取消。 删除单个作业 选择需要删除的作业,单击“操作”列“删除”即可。 图1 删除单个作业 批量删除作业 一次
安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎,可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
优先级:运行优先级,分为0~9级,优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。 如果当前投递的IO加速的作业,超过sfs总的作业配额数, 那么超出部分的作业会按照投递时间顺序,从最新投递的向前执行,不会按照优先级进行运行。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节
计算资源说明 每个作业的运行依托的是后面的计算资源,所以需要管理员账号(主账号)提前购买计算资源。 若平台无计算资源,则投递的作业会出现等待情况,直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称,会出现账号的相关操作,包括系统资源,系统配置等。注意这里只有管理员
针对此镜像的相关描述。 单击“立即发布”。 系统跳转到“我的发布”页面,可以查看发布的镜像状态。当镜像发布成功后,可以在“资产市场>组织共享”中查看发布的镜像。 已发布的镜像不能直接编辑和删除,需下线后才能编辑和删除。 发布中的镜像可以取消,取消后状态为发布失败。 已发布的镜像可以订阅和下线。
引用数据 选择需要引用的项目以及项目中的数据,或者选择待引用的OBS桶路径,先选择OBS桶所在区域,再选择OBS桶名称,支持选择不在同一区域的OBS桶。 单击“确定”,引用其他项目中的数据至本项目。 引用的数据和项目将显示在左侧的数据列表中。 图4 引用的数据 引用OBS类型数据
用户只能删除来源为本平台的用户,如果来源为IAM,则只支持移除。 项目是存储数据、镜像、分析作业等的工作空间,执行删除用户操作时,只有在该用户名下没有项目时,才可以被删除。在用户的操作列,单击“删除”,删除对应的用户。 图1 删除子用户 移除子用户 导入的用户,不支持删除,只支持
如何进行实名认证 实名认证入口 使用已注册的华为账号登录“华为云”。 单击账号名下拉框中的“账号中心”。 进入“账号中心”页面。 单击左侧导航中的“实名认证”,选择认证类型(个人认证/企业认证),根据页面提示进行实名认证。 实名认证类型介绍 表1 实名认证详细介绍 账号类型 认证类型(任选一种类型)
制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像(经常更新的镜像):将软件安装的流程写成DockerFile,使用Docker
app命令引用本地的配置文件,创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description -d 否 应用的详细描述信息。
、高可靠、低成本的数据存储能力,可供用户存储任意类型和大小的数据。 宫颈癌细胞病理筛查API支持直接使用华为云OBS服务进行数据的存储,以减少服务使用成本,降低服务的响应时长,提升服务使用的体验。 考虑到数据的安全,服务无法直接获取到用户数据,需要用户开启OBS的公共读授权。 开启公共读权限
优先级:运行优先级,分为0~9级,优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。 如果当前投递的IO加速的作业,超过sfs总的作业配额数, 那么超出部分的作业会按照投递时间顺序,从最新投递的向前执行,不会按照优先级进行运行。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节
存储资源 存储资源的计费模式是按需或者购买套餐包的形式, 按需计费可根据数据量的大小收费,故不需要提前进行购买 套餐包需提前购买,当存储用量超过套餐包规格时,超出部分将自动按量按需计费 图1 存储资源 图2 存储套餐包 图3 购买存储套餐包 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
并设置是否“清空作业状态更新列”,状态更新列的值为空的数据才会投递作业。 选择“新建一列”,需要输入新建的列名。 图2 设置作业基本信息 定义触发器。使用触发器来筛选需要运行作业的数据,并且满足状态更新列的值为空的数据才会被投递作业。 单击“添加条件”,在数据列名、判断模式、值中定义投递作业的触发条件。数据列