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去水:去掉受体蛋白里面的水分子。 去金属离子:去掉受体蛋白里面的金属离子。 去水、去金属离子参数默认是勾选状态,若上传的受体中包含配体,提交任务时系统会自动删除配体。 单击“应用全局",可以对受体进行批量处理。 单击“下一步”,进入配体预处理页面。 单击“上传配体”后的,选择配体文件。 配体文件仅支持输入1个文件。
使用Unix管道技术连接比对和排序步骤,以缩短bwa和samtools的存放、读取、删除中间文件的时间。 流程针对GATK4中的限速步骤,进行了系统的优化加速。流程从contig-file中提取contig,根据contig下发对应的任务,并依据不同任务,指定并行下发的任务数,以降低流程整体的运行时间。
约束条件是target2_binding_energy 您可以通过“上传靶点”,将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件,提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后,运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体: 将原始配体作为口袋位置,也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。
上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体:配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件,且只支持3D结构。 选择参考配体:当前自由能微扰支持自动规划路径,选择参考配体后系统自动计算,用户也可自主添加或删除配体对。 图1 上传文件 引用外部桶时,需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 单击“下一步”,选择配体对。
AVD(预测病灶体积与真实病灶体积误差)指标业界领先,与医生用手工准确勾勒的结果高度一致。 图2 影像分析图 新冠肺炎药物筛选 为了全面、系统地评估药物对新冠病毒所有靶点蛋白的结合情况,华为云联合多家科研单位,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学
最小长度:1 最大长度:128 image_tag String 镜像tag名 最小长度:1 最大长度:64 profile String 系统镜像名 枚举值: PY3 表7 NotebookStorage 参数 参数类型 描述 path String notebook存储路径 最小长度:1
最小长度:1 最大长度:128 image_tag String 镜像tag名 最小长度:1 最大长度:64 profile String 系统镜像名 枚举值: PY3 表9 NotebookStorage 参数 参数类型 描述 path String notebook存储路径 最小长度:1
建场景; # 其他场景,app_id为系统分配的唯一标识 display_name: '步骤1' # 流程的子任务展示名称,最大长度64
析和验证,提高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游分析或者优化等。 在输出结果页面左上角单击“聚类分析”后,系统开始进行分析,同时显示“聚类分析中”。 图5 聚类分析 待聚类分析完成后,单击“查看聚类结果”。进入聚类结果页。 图6 查看聚类结果 在聚
01040040 Data in column {0} cannot be modified. 请检查当前列是否为主键,或用于自动作业状态更新列,或为系统自动创建列。 400 eihealth.01040041 Invalid input data. 请检查数据与对应列的类型是否匹配 400
步骤1:对应用进行分析 更多 访问外网 应用容器化改造介绍 应用容器化改造流程 步骤1:对应用进行分析 步骤2:准备应用运行环境 更多 操作系统相关 应用容器化改造介绍 应用容器化改造流程 步骤1:对应用进行分析 步骤2:准备应用运行环境 步骤2:准备应用运行环境 步骤2:准备应用运行环境
0,此时判定为子任务已正确执行。 实际上作业的子任务对应的就是K8S中的一个Pod,其返回状态就是Pod的phase映射,即容器以非0状态退出或者被系统终止会算作失败;容器return 0并且不再重启即算成功。详细内容介绍请参见Pod的生命周期。 处理建议 所有的算法程序的入口main函数
建场景; # 其他场景,app_id为系统分配的唯一标识 display_name: '步骤1' # 流程的子任务展示名称,最大长度64
{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景;其他场景,app_id为系统分配的唯一标识 最小长度:1 最大长度:135 display_name 否 String 流程的子任务展示名称,最大长度64 最小长度:0
{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景;其他场景,app_id为系统分配的唯一标识 最小长度:1 最大长度:135 display_name 否 String 流程的子任务展示名称,最大长度64 最小长度:0
高分析的效率和分析质量。也可以通过聚类找出一些关键的骨架,来进行下游的分子优化、合成路径规划等。 在输出结果页面左上角单击“聚类分析”后,系统开始进行分析,同时显示“聚类分析中”。 图9 聚类分析 待聚类分析完成后,单击“查看聚类结果”。进入聚类结果页。 图10 查看聚类结果 在
blood–brain barrier Penetration,血脑屏障。作用于中枢神经系统的药物需要穿过血脑屏障 (BBB) 才能达到其分子靶点。相反,对于具有外围靶点的药物,不需要BBB渗透以避免中枢神经系统副作用,单位为cm/s。logBB 大于-1为(BBB+), logBB小于等
为设置的参数值个数的乘积。 例如,存在输入参数a和输入参数b,在启动作业时,分别给参数a设置了2个参数值,给参数b设置了2个参数值。那么,系统将自动生成4个作业并发执行。 方式二:参考批量执行NGS分析操作。 参数确认无误后,单击“立即创建”,创建应用。 表1 fastp、bwa_samtools应用参数说明
约束条件是target2_binding_energy 您可以通过“上传靶点”,将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件,提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后,运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体: 将原始配体作为口袋位置,也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。