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功能模块 靶点发现 苗头化合物发现 先导化合物优化 通用工具 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
如何使用Notebook的Terminal功能？ 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下，单击右上角“Open JupyterLab”，然后选择“Terminal”，进入Terminal界面。 图1 Terminal
通用工具 MOL 3D Viewer MOL Editor 父主题： 功能模块
靶点发现 靶点口袋发现 靶点优化 父主题： 功能模块
MOL Editor Mol Editor工具可以查看小分子的2D结构，以及编辑分子结构。 单击“功能模块 > 通用工具 > MOL Editor”，进入Mol Editor页面即可操作。可以通过单击右上角的“保存”，将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题：
苗头化合物发现 分子对接 分子属性预测 分子搜索 CPI预测 分子生成 父主题： 功能模块
先导化合物优化 分子优化 靶点口袋分子设计 自由能微扰 合成路径规划 父主题： 功能模块
分子搜索 可自定义数据库，以用户输入的参考化合物结构为起点，可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
名称：可修改，修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符；仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格；首位只能以数字或字母开头。 标签：设置任务标签。 功能调用消耗：运行一次功能会消耗一次。 生成后的小分子在满足强约束条件的基础上，会根据满足弱约束条件的权重总和以及与参考小分
单击可以按照属性以及相互作用力进行高级筛选。 图6 高级筛选 单击“查看3D”可以看到小分子和靶点的对接构象。 图7 查看3D 单击配体对比，可以计算对接后的构象与输入小分子的RMSD值和输入小分子和靶点的相互作用2D图。 图8 设置配体对 图9 配体对接结果图 单击查看2D相互作用图
作业名称：设置作业名称。长度为5~64个字符，仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格，首位只能以数字或字母开头。 标签：设置任务标签。 功能调用消耗：20000个小分子记一次功能调用。 引用外部桶时，需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 配置完成后，单击“提交”。
靶点优化 靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类，实现靶点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片，进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件，文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体，默认只处理第一个。 靶点预处理： 去配体：提交任务时系统会自动删除配体。
标签：设置任务标签。 功能调用消耗：100000个小分子记一次功能调用。 配置完成后，单击“提交”。 提交成功后，可以在“作业中心”查看执行结果。 查看多对多运行结果。 如果是多受体对多配体，打开作业结果页面可以看到结合能二维矩阵，支持分别按照靶点和小分子进行排序。 图4 查看结果（1）
名称：可修改，修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符；仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格；首位只能以数字或字母开头。 标签：设置任务标签。 功能调用消耗：运行一次功能会消耗一次。 单击“提交”。 提交成功后，可以在“作业中心”查看执行结果。 图1 设置靶点口袋发现文件
线“-”和空格；首位只能以数字或字母开头。 初始化采样权重：设置越大，优化的小分子新颖性越低，设置越小，优化的小分子新颖性越高。 选择属性模型：选择AI模型。如果需要创建模型，可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。 标签：设置任务标签。 功能调用消耗：运行一次功能会消耗一次。
MOL 3D Viewer Mol 3D Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。单击“功能模块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”，进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括： 本地分子结构的3D可视化，支持多种显示样式，支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。
靶点口袋分子设计 基于盘古药物分子大模型，靶点口袋分子设计功能主要是能够根据给定的口袋和小分子利用AI的预测出更优小分子。 单击“靶点口袋分子设计”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面上传靶点结构，及配置其他参数。 图1 查看配置页面 靶点结构：选择靶点结构文件，仅支持PDB格式
作业名称：可修改，修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符；仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格；首位只能以数字或字母开头。 标签：设置作业标签。 功能调用次数：合成路径规划目前是一个运行成功得作业消耗一次功能调用次数。 图1 分子合成路径 引用外部桶时，需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。
名称：可修改，修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符；仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格；首位只能以数字或字母开头。 标签：设置任务标签。 功能调用消耗：每一对会消耗一次功能调用，因此计算几条路线就显示调用几次。 图5 设置FEP参数 单击“提交”，可在作业中心查看该作业的运行情况。
您可以根据实际需求选择购买功能调用套餐包和存储套餐包。在后续使用过程中，也可根据使用情况随时购买资源。 资源中心 在“资源中心>功能调用”中可以查看功能调用套餐包的使用情况。 图1 功能调用套餐包 在“资源中心>存储资源”中可以查看存储使用量等信息。 图2 存储资源信息 购买功能调用套餐包 在
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