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几种不同类型的归档,区别是什么? 标准存储 标准存储访问时延低和吞吐量高,因而适用于有大量热点文件(平均一个月多次)或小文件(小于1MB),且需要频繁访问数据的业务场景。 适合高性能,高可靠,高可用,频繁访问场景。 归档存储 归档存储适用于很少访问(平均一年访问一次)数据的业务场
在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子:只能绘制一个分子,能够输入分子的SMILES。 选择文件:选择分子文件,最多支持100万个小分子,且分子文件大小不超过2GB。支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。文件来源包括数据中心和示例数据。 手动输入:
通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径,可以是zip或nf文件。 --name
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
"test1/", "test2/test.txt" ] } { "quote_project_id" : "OBS:obs-bucket-name", "sub_paths" : [ "test1/", "test2/test.txt" ] } 响应示例 无 状态码 状态码
单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数:合成路径规划的路径数量。路径数量增加,将展示更多的合理合成路
您可以通过“上传靶点”,将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件,提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后,运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体: 将原始配体作为口袋位置,也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。
修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片,进入上传文件页面。 在上传页面右侧,选择上传受体,上传配体,选择中心配体。 上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体:配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件,且只支持3D结构。 选择参考配体:当前自由能微扰支持自动规
String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。
二代测序fastq的Read1文件。 fastq-file2 file 二代测序fastq的Read2文件。 输出参数 fq-file1 file Read1过滤之后输出fq.gz文件。 fq-file2 file Read2过滤之后输出fq.gz文件 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。
strings 复制的路径集 最小长度:1 最大长度:2000 数组长度:0 - 50 target_folder 否 String 目标文件夹 最小长度:0 最大长度:2000 响应参数 状态码: 202 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 数据作业ID
是否必选 参数类型 描述 source 否 String 文件来源,仅支持RAW。 最小长度:1 最大长度:6 format 否 String 文件格式,仅支持CIF。 最小长度:1 最大长度:6 data 是 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000
创建药物作业基本信息。 receptor 是 TargetOptReceptor object 受体文件。 ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。 表4 CreateDrugJobBasicInfo
最大长度:512 数组长度:10 - 10000 molecule_file 否 DrugFile object 分子文件,分子表达式列表和分子文件二选一,分子文件优先级最高。 binding_sites 否 Array of BindSiteDto objects 靶点列表。 数组长度:0
已经执行成功的NGS配置文件,并在该配置文件基础上进行修改,得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台完成NGS流程的搭建,并执行成功,然后在“分析作业”页面导出作业信息.yaml文件。 方式二 使用命令行工具
在“数据”页面,使用“复制”,将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击“复制”。 图2 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹,以及数据存储路径,单击“确认”,复制数据。 例如,将“test.zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图3 复制数据 解除引用
在“数据中心”页面,使用“复制”,将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击页面右上角“复制”。 图1 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹,以及数据存储路径,单击“确认”,复制数据。 例如,将“test.zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图2 复制数据 下载数据
二代测序fastq的Read1文件。 fastq-file2 file 二代测序fastq的Read2文件。 输出参数 fq-file1 file Read1过滤之后输出fq.gz文件。 fq-file2 file Read2过滤之后输出fq.gz文件 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI、CIF,仅数据源为RAW时提供。
您可以通过“上传靶点”,将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件,提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后,运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体: 将原始配体作为口袋位置,也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。