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hostfile /home/rhel/hello 图3 集群上运行Spetrum MPI成功 hostfile文件在运行时需要指定路径，可执行文件hello路径需为绝对路径，集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题： 在HPC集群上运行MPI应用（X86 BMS场景）
hostfile /home/rhel/hello 图3 BMS集群上运行Intel MPI成功 hostfile文件在运行时需要指定路径，可执行文件hello路径需为绝对路径，集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题： 在HPC集群上运行MPI应用（X86 BMS场景）
hostfile /home/rhel/hello 图3 集群上运行社区OpenMPI成功 hostfile文件在运行时需要指定路径，可执行文件hello路径需为绝对路径，集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题： 在HPC集群上运行MPI应用（X86 BMS场景）
hostfile /home/rhel/hello 图2 集群上运行社区OpenMPI成功 hostfile文件在运行时需要指定路径，可执行文件hello路径需为绝对路径，集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题： 在HPC集群上运行MPI应用（鲲鹏BMS场景）
/home/rhel/hello 图3 BMS集群上Platform MPI运行成功 hostfile文件在运行时需要指定路径，可执行文件hello路径需为绝对路径，集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题： 在HPC集群上运行MPI应用（X86 BMS场景）
host-192-168-0-75 /root/spe_hello 图1 在集群上通过Spectrum MPI运行可执行文件 hostfile文件在运行时需要指定路径，可执行文件hello路径需为绝对路径，集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题： 在HPC集群上运行MPI应用
-machinefile hostfile -np 12 /root/intel_hello hostfile文件在运行时需要指定路径，可执行文件hello路径需为绝对路径，集群中所有可执行文件在同一路径下。 图3 集群上运行Intel MPI成功 父主题： 在HPC集群上运行MPI应用
确认关闭防火墙成功 依次登录集群中所有BMS，重复执行步骤1.2～步骤1.3，关闭所有BMS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台BMS, 执行以下命令，添加hosts配置文件。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名，例如： 192.168
-machinefile hostfile /root/platform_hello hostfile文件在运行时需要指定路径，可执行文件hello路径需为绝对路径，集群中所有可执行文件在同一路径下。 图3 集群上运行Platform MPI成功 父主题： 在HPC集群上运行MPI应用
c，关闭所有BMS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令，查看BMS的主机名。 $ hostname 图2 查看BMS的主机名 依次登录集群中所有BMS，重复执行1.b～2.b，获取所有BMS的主机名。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令，添加hosts配置文件。 # vi
修改Makefile文件01 图2 修改Makefile文件02 执行以下命令，编译lammps，并将当前目录生成的lmp_mpi文件拷贝至“/share”目录。 make mpi 步骤3 配置lammps 算例输入文件。 以melt为例，生成一个算例melt.in文件。设置每迭代10
为确保集群能正常创建/部署，需保证安全组规则22端口开放，具体配置方法请参见：为安全组添加安全组规则。 一站式HPC服务使用弹性文件服务SFS作为文件共享存储，更多关于弹性文件系统的信息，请参见《弹性文件服务用户指南》。 操作步骤 登录HPC-S²控制台。 单击管理控制台左上角的，选择区域和项目。 单击“部署HPC集群”。
有镜像。 创建私有镜像 云硬盘（EVS） 购买云硬盘并挂载至HPC场景的云服务器。 购买云硬盘 弹性文件服务（SFS） 为用户的弹性云服务器提供一个完全托管的共享文件存储。 文件共享 父主题： 产品介绍
执行以下命令，防止系统超时退出。 # TMOUT=0 将BMS对应的密钥文件（.pem文件）拷贝至.ssh目录下，命名为“id_rsa”。 $ cd ~/.ssh $ mv *.pem id_rsa 执行以下命令，给密钥文件配置权限。 $ sudo chmod 600 id_rsa 执行
执行以下命令，防止系统超时退出。 # TMOUT=0 将ECS对应的密钥文件（.pem文件，假设为*.pem）拷贝至.ssh目录下，命名为“id_rsa”。 $ cd ~/.ssh $ mv *.pem id_rsa 执行以下命令，给密钥文件配置权限。 $ sudo chmod 600 id_rsa
MPI运行可执行文件。 假设hello.c文件在“/home/rhel/”目录下，生成的可执行文件名为hello，执行以下命令： $ cd /home/rhel/ $ mpicc hello.c -o hello 执行以下命令，在单个BMS上通过Spectrum MPI运行可执行文件。 $
MPI_Finalize(); } $ mpicc hello.c -o hello 不同版本的MPI运行的hello文件是不同的，都需要使用命令mpicc hello.c -o hello对hello.c文件重新编译。 执行以下命令，在单个BMS上运行社区OpenMPI。 $ mpirun -np 2
# which mpirun 图3 查看环境变量 执行以下命令，在单个弹性云服务器上通过Spectrum MPI运行可执行文件。 执行以下命令，编辑文件。 # cd # vi hello.c 编辑内容如下： #include<mpi.h> #include<stdio.h> int
} $ mpicc hello.c -o hello 不同版本的MPI运行的hello文件是不同的，都需要使用命令mpicc hello.c -o hello对hello.c文件重新编译。 执行以下命令，在单个BMS上运行社区OpenMPI。 $ mpirun -np 2
/platform_mpi-09.01.04.03r-ce.bin 根据系统提示安装Platform MPI，默认安装到“/opt/ibm/platform_mpi”文件夹下。 图1 Platform MPI成功安装 配置环境变量。 执行以下命令，获取pkey。 # cat /sys/class/infin
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