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MPI应用(以版本l_mpi_2018.0.128为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 安装Intel MPI。 下载Intel MPI。 下载地址:https://software.intel.com/en-us/intel-mpi-library 执行以下命令,解压并安装Intel MPI。
对于集群中的每台BMS,都需要执行该操作。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 操作步骤 安装MPICH。 下载MPICH。 下载地址:https://aur.archlinux.org/packages/mpich/ 执行以下命令,解压并安装MPICH。 以mpich-3.3.2
修改Makefile文件02 执行以下命令,编译lammps,并将当前目录生成的lmp_mpi文件拷贝至“/share”目录。 make mpi 步骤3 配置lammps 算例输入文件。 以melt为例,生成一个算例melt.in文件。设置每迭代100步生成一个checkpoint文件,假定该文件存放在共享目录“/share”中。内容如下:
已配置BMS集群间互相免密登录。 操作步骤 安装OpenMPI。 下载社区OpenMPI,版本号为“openmpi-4.0.2.tar.bz2”。 下载地址:https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.0/openmpi-4.0.2.tar.bz2
的弹性云服务器设施,并且这些设施是弹性的,可以根据需求伸缩。该任务指导用户如何创建支持IB网卡的弹性云服务器,包括管理控制台方式和基于HTTPS请求的API(Application programming interface)方式。 H2型、HI3型弹性云服务器使用带宽100Gb
通讯录安装 Udapl安装和测试 Udapl安装 cd /root wget https://linux.mellanox.com/public/repo/mlnx_ofed/4.1-1.0.2.0/SRPMS/dapl-2.1.10mlnx-OFED.3.4.2.1.0.41102
配置节点互信 配置节点互信免密登录 STAR-CCM+集群运行时候需要跨节点运行,推荐使用互信免密登录。 # 生成ssh公钥和私钥 ssh-key-gen # 拷贝公钥到指定主机的~/.ssh/authorized_key文件中 ssh-copy-id root@目标主机IP 例如:ssh-copy-id
world_size); //FinalizetheMPIenvironment. MPI_Finalize(); } 执行以下命令,生成可执行文件,假设在/home/linux目录下生成。 # mpicc hello.c -o spe_hello 不同版本的MPI运行的hello文件是不同的,因此,
Intel MPI环境变量导入成功 回显结果如图2所示,表示环境变量导入成功。 执行以下命令,在单个BMS上运行Intel MPI。 执行以下命令,生成可执行文件。 $ mpicc hello.c -o hello 执行以下命令,在单个BMS上运行Intel MPI。 $ mpirun -np
安装IB驱动。 下载安装包“MLNX_OFED_LINUX-4.3-1.0.1.0-rhel7.3-x86_64.tgz”。 下载地址:https://network.nvidia.com/products/infiniband-drivers/linux/mlnx_ofed/ 图2
检查MPI环境变量 在单个BMS上通过Spectrum MPI运行可执行文件。 假设hello.c文件在“/home/rhel/”目录下,生成的可执行文件名为hello,执行以下命令: $ cd /home/rhel/ $ mpicc hello.c -o hello 执行以下命令,在单个BMS上通过Spectrum
which mpirun 图3 环境变量正常 回显如图3所示表示环境变量正常。 执行以下命令,在单个BMS上运行社区OpenMPI。 执行以下命令,生成可执行文件。 $ cd ~ $ vi hello.c 编辑内容如下: #include<mpi.h> #include<stdio.h>
IB驱动,执行3。 如果返回值与图1不同,表示弹性云服务器未安装IB驱动,执行2。 下载并安装对应的IB驱动。 在Mellanox官网https://network.nvidia.com/products/infiniband-drivers/linux/mlnx_ofed/,选
”、“/”、“^”、“,”、“{”、“}”和“?” 密码不能包含用户名或用户名的逆序。 YNbUwp!dUc9MClnv 说明: 样例密码随机生成,请勿复制使用样例。 选择“购买时长”。 计费模式为“包年/包月”类型,需同时选择购买时长,同时用户可选择是否需要“自动续费”,如勾选了“自动续费”,包周期到期后会自动续费。
密码不能包含用户名或用户名的逆序。 Windows系统的弹性云服务器,不能包含用户名中超过两个连续字符的部分。 YNbUwp!dUc9MClnv 说明: 样例密码随机生成,请勿复制使用样例。 选择 “弹性文件服务”。 弹性文件服务自动根据“网络配置”当中所选VPC筛选,如不存在弹性文件系统,需手动创建,并添
密码不能包含用户名或用户名的逆序。 Windows系统的弹性云服务器,不能包含用户名中超过两个连续字符的部分。 YNbUwp!dUc9MClnv 说明: 样例密码随机生成,请勿复制使用样例。 系统不会定期自动修改弹性云服务器密码。为安全起见,建议您定期修改密码。 设置集群名称。 名称可自定义,但需符合命名规则。集群名称命名规则如表3所示。