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入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台
http://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.17.tar.bz2 wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10
成长地图 | 华为云 医疗智能体 医疗智能体(EIHealth)基于华为云AI和大数据技术优势,为基因组分析、药物研发、临床研究三个领域提供专业AI研发平台。 产品介绍 用户指南 仅两个按钮时选用 立即使用 成长地图 由浅入深,带您玩转EIHealth 01 了解 医疗智能体(E
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据,批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节
cn-north-4.myhuaweicloud.cn HTTPS 华东-上海一 cn-east-3 eihealth.cn-east-3.myhuaweicloud.com eihealth.cn-east-3.myhuaweicloud.cn HTTPS 华南-广州 cn-south-1 eihealth
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
如下所示。 https://iam.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v3/auth/tokens 为查看方便,服务每个具体API的URI,只给出resource-path部分,并将请求方法写在一起。这是因为URI-scheme都是HTTPS,而Endpo
ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID 项目ID通过调用查询指定条件下的项目信息API获取。 获取项目ID的接口为GET“https://{Endpoint}/v3/projects”,其中{Endpoint}为IAM的终端节点,可以从地区和终端节点获取。 响应示例如
enable_cold_archive Boolean 是否支持归档类型存储 public_bucket_path String 医疗智能体公共数据桶https路径 请求示例 查询系统配置列表 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/system/configs
响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 数据作业ID 请求示例 导入网上数据,数据链接为https://www.hhh.com/test.txt,目的目录为test。 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{pro
Windows: health import data https://eihealth-lmx-test-01-aad9f09b.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/test1.csv? https://eihealth-lmx-test-02-aad9f09b
下载类型(仅支持PRIVATE|PUBLIC) 枚举值: PRIVATE PUBLIC EXTRANET url 否 String 资源地址(支持https、obs地址) 最小长度:1 最大长度:2000 range_start 否 Long 指定下载对象的开始位置 最小值:0 最大值:9223372036854775807
询和下载相关信息。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing.html 对于pod配置,暂不支持用户侧设置。若用户侧设置的情况下可能会导致对应Process执行失败。相关信息可参考https://www.nextflow.
资产封面图访问链接 create_time String 创建时间 update_time String 更新时间 请求示例 查询资产详情 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/assets/{asset_id}
Boolean 可操作标记 缺省值:true deletable Boolean 可删除标记 缺省值:true 请求示例 获取数据详情 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-pr
"report_files" : [ { "name" : "DAG.png", "download_url" : "https://nextflow-cn-north-7-07d79450.obs.cn-north-7.ulanqab.huawei.com/__
缺省值:0 create_time String 创建时间 download_url String 下载链接 请求示例 查询审计日志详情 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-pr
"439274bd-be09-4300...", "name": "a", "creator": "ei_eihealth_02", "url": "https://x.x.x.x/v1/0xxx/notebooks/xxx/services/notebook", "flavor": {
资产封面图访问链接 create_time String 创建时间 update_time String 更新时间 请求示例 查询资产列表 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/assets 响应示例
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