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分子生成作业管理 创建分子生成作业 查询分子生成作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
CPI作业管理 创建CPI作业 查询CPI作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
图解医疗智能体 AI药物研究 AI基因组研究
AI药物研究 父主题: 图解医疗智能体
的应用和镜像会同步导入。 使用“导入流程”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入流程”,进入导入流程页面。 图1 导入流程 选择需要引用的项目以及项目中的流程,选择流程的版本。“导入流程名称”是选填项,可以使用原有名称,或自定义。 图2
基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装,应用既可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用,创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成,流程中的各个应
和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。 将fastp的输出参数fq-file1、fa-file2和bwa-mem的输入参数fq-filefq-file2相连。
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 虚拟药物筛选简介 获取示例数据 创建虚拟药物筛选任务
及频繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
String cpu申请使用量,取值范围[0.1-128],单位C,支持一位小数。对于应用,不填默认1C;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 cpu_type String cpu架构类型,不填默认X86 最小长度:0
导入镜像 使用import命令从源项目导入镜像到当前项目。 只支持导入私有镜像,导入镜像和订阅的镜像不支持再次导入到别的项目。 命令结构 health docker import <project-name/image-name:tag-name> [flags] 表1 参数说明
更新镜像 使用update命令更新当前项目中的某个镜像仓库的描述信息或者类型。 命令结构 health docker update <project-name/image-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 否 要
创建子用户 使用管理员账户登录盘古辅助制药平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 在用户管理页面,单击左上角“创建用户”,进入“创建用户”页面。 填写用户信息,分配子用户权限。 创建完成后,单击“确认”。 父主题: 用户管理
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
如何进行实名认证 实名认证入口 使用已注册的华为账号登录“华为云”。 单击账号名下拉框中的“账号中心”。 进入“账号中心”页面。 单击左侧导航中的“实名认证”,选择认证类型(个人认证/企业认证),根据页面提示进行实名认证。 实名认证类型介绍 表1 实名认证详细介绍 账号类型 认证类型(任选一种类型)
查询镜像 使用health docker images命令查询项目中的镜像。 命令结构 health docker images [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --name -n 否 查询指定镜像名下的所有tag信息,支持模糊查找。 --type -t
简写 是否必选 说明 project-name 无 否 项目名称,不填时默认为当前所在项目。 --description -d 否 项目描述。 只有项目所有者和管理员能修改。 --tags -t 否 项目标签,多个标签使用分号(;)分隔。 只有项目所有者和管理员能修改。 --policy
配额管理 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
中的文件或文件夹。 文件或文件夹删除完成后,需单击右上角的刷新按钮刷新页面,清除缓存文件。 图4 删除 使用Notebook Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open Jup