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配置命令行工具 医疗智能体平台命令行工具（eihealth-toolkit）是配套EIHealth平台，为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具，可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 操作步骤 下载命令行工具。 安装命令行工具。
获取Windows版本的命令行工具，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R，输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录，输入health命令，即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是heal
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
页面“工具”页签中，以列表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用，并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时间，可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和
获取Windows版本的命令行工具，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。例如，放到C盘Users文件夹中。 图1 下载命令行工具 使用键盘win键+R，输入cmd，并单击“确定”打开windows的cmd窗口。 进入cmd窗口，输入health命令，即可使用。
详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 登录EIHealth平台，在镜像列表中查看已上传的镜像。 步骤4：创建应用 登录EIHealth平台，在“项目管理”页面“工具”页签中，单击“新建应用”。 图2 新建应用 填写应用的基本信息。 “名称”填写fastqc，“版本”填写v0.11
命令行工具概述 医疗智能体命令行工具（eihealth-toolkit）是配套EIHealth平台，为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具，可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强：
同一个发布者可以发布同名称，同类型的应用。若版本不同，则合并。用户在使用时，可以选择对应的版本号进行订阅或者下线。若版本相同，则更改版本后发布。 已发布的应用，可以在“资产市场>我的发布”中进行下线。下线后已经订阅的应用不可以使用。 父主题： 工具管理
据，批量运行NGS。同时，您也可以参考本示例，将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。 配置命令行工具 批量执行分析需要通过命令行工具完成。请参考配置命令行工具章节，下载命令行工具并完成配置。 获取NGS作业配置文件 编写NGS作业配置文件有两种方式，建议您使用第一种，通过获取已
节。 单击“新建应用”，进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息，包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。 填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参
参数确认无误后，单击“立即创建”，创建应用。 表1 fastp、bwa_samtools应用参数说明 应用名称和版本 应用名称：fastp 版本：0.20.1 应用名称：bwa_samtools 版本：0.7.17 镜像和启动命令 镜像：fastp:0.20.1 启动命令： fastp --fix_mgi_id
同一个发布者可以发布同名称，同类型的流程。若版本不同，则合并。用户在使用时，可以选择对应的版本号进行订阅或者下线。若版本相同，则更改版本后发布。 已发布的应用，可以在“资产市场>我的发布”中进行下线。下线后已经订阅的应用不可以使用。 父主题： 工具管理
图1 导入应用 选择需要引用的项目以及项目中的应用，选择应用的版本。“导入应用名称”是选填项，可以使用原有名称，或自定义。 图2 导入应用 单击“确定”，导入应用，导入过程中可以查看每个应用的导入状态。 父主题： 工具管理
下载应用或流程 在“工具”页面选择“流程”或“应用”。 选择需要发布的流程，单击“操作”列“更多”>“下载”。 图1 下载应用 下载内容不包含应用和流程的id，所有引用关系通过名称和版本来指定。 父主题： 工具管理
-variantqc应用构成。在创建应用前，请先制作并上传应用所需的镜像。搭建NGS流程所需的镜像和版本如表1所示。 表1 NGS流程镜像信息 NGS流程步骤 描述 依赖镜像及版本 镜像下载命令 Read Quality 对测序得到的fastq数据进行质控。 fastp:0.20
使用AutoGenome镜像 AutoGenome是Notebook镜像，利用AutoML等技术帮助科研工作者在基因组学数据上端到端实现深度学习网络搜索，训练，评估，预测和解释的工具包。 使用AutoGenome镜像的详细步骤如下所示： 步骤1：订阅镜像 步骤2：创建Notebook
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 流程”页签，单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”，其他参数可选填。参数填写完成后，单击“确定”，完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用，并使用鼠标拖拽至画布中。
流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具，详细介绍请参见流程设计器。新建流程时，自动保存默认打开。 图1 新建流程 填写流程参数信息，填写完成后单击“确定”。 填写流程基本参数，包括“流程名称”、“版本”、“标签”、“短描述”和“描述”。 “流程名称”和“版本”为必填项，其他参数可选填。
单击“导入流程”，进入导入流程页面。 图1 导入流程 选择需要引用的项目以及项目中的流程，选择流程的版本。“导入流程名称”是选填项，可以使用原有名称，或自定义。 图2 导入流程 单击“确定”，导入流程。 父主题： 工具管理
q文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。 例如，使用health switch project
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