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String 文件URL，用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。
时间段的文件。 需配合--timeRange参数使用。 同步上传文件夹时该参数可选。 --disableDirObject -D 否 同步上传文件夹时，文件夹本身不会作为一个对象上传，在有很多空文件夹场景时候可以避免无用文件夹上传到对象存储桶中；文件夹下有文件时候，文件夹下文件依然会上传并保持原有路径格式，不受影响。
是否必选 参数类型 描述 source 否 String 文件来源，仅支持RAW。 最小长度：1 最大长度：6 format 否 String 文件格式，仅支持CIF。 最小长度：1 最大长度：6 data 是 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000
创建药物作业基本信息。 receptor 是 TargetOptReceptor object 受体文件。 ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。 表4 CreateDrugJobBasicInfo
您可以通过“上传靶点”，将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件，提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后，运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体： 将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。
在“数据”页面，使用“复制”，将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击“复制”。 图2 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹，以及数据存储路径，单击“确认”，复制数据。 例如，将“test.zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图3 复制数据 解除引用
在“数据中心”页面，使用“复制”，将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击页面右上角“复制”。 图1 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹，以及数据存储路径，单击“确认”，复制数据。 例如，将“test.zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图2 复制数据 下载数据
开启多文件/文件夹上传模式，支持的值：[1, 2]。 如果msm=1则代表上传的URL是一组文件/文件夹列表（以英文逗号分隔）。如果文件/文件夹名本身包含英文逗号，请不要使用msm=1的模式。 如果msm=2则代表上传的URL是一个包含文件/文件夹列表的文件。 多文件/文件夹上传
最大长度：512 数组长度：10 - 10000 molecule_file 否 DrugFile object 分子文件，分子表达式列表和分子文件二选一，分子文件优先级最高。 binding_sites 否 Array of BindSiteDto objects 靶点列表。 数组长度：0
PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI、CIF，仅数据源为RAW时提供。
fasta格式文件，最多上传1个文件，文件中最多支持100条氨基酸序列，每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 pdb格式文件，最多上传100个靶点文件，如果上传多聚体靶点，仅解析第一条链，每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图2 靶点配置选择文件 输入PDB ID，最多输入100个PDB
二代测序fastq的Read1文件。 fastq-file2 file 二代测序fastq的Read2文件。 输出参数 fq-file1 file Read1过滤之后输出fq.gz文件。 fq-file2 file Read2过滤之后输出fq.gz文件 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。
二代测序fastq的Read1文件。 fastq-file2 file 二代测序fastq的Read2文件。 输出参数 fq-file1 file Read1过滤之后输出fq.gz文件。 fq-file2 file Read2过滤之后输出fq.gz文件 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。
后，生成新颖小分子。 选择原始配体：选择靶点结构文件中已存在的原始配体用来定位口袋或作为片段优化，存在多个原始配体时可通过下拉框选择，与上传配体文件二选一。 上传配体文件：通过上传与靶点结构有良好结合构象的配体文件确定配体，若文件中包含多个配体，默认只处理第一个，与选择原始配体二
小分子数据。参考以下数据要求，将数据上传至项目中。 输入蛋白质，pdb格式，将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子，配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串，第二列为smiles名称，中间用tab键分割。 父主题： 运行大规模虚拟药筛任务
> 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”，获取输出结果的路径。 文件的命名方式为：蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2 下载小分子构想数据 父主题： 运行大规模虚拟药筛任务
获取Windows版本的命令行工具，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R，输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录，输入health命令，即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录，请使用cd命令切换路径。例如，切换至D盘：
workflow命令引用本地的配置文件，创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。 --description
使用create app命令引用本地的配置文件，创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description -d
mplate详情。 --sample -s 否 显示示例yaml文件内容，以yaml格式打印到控制台，需要直接获取示例文件可使用Linux输出流重定向。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealt
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