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如何在Notebook中安装外部库 在Jupyter Notebook中安装 例如，通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中，选择“New”（新建），然后选择“TensorFlow-1
安装Nextflow 功能介绍 安装Nextflow（file和version参数必须提供其中一种） 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装，安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎，可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装，用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境，或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
安装eihealth-toolkit 本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。 获取Windows版本的命令行工具，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。 图1 下载命令行工具 使用win键+R，输入cmd打开windows的cmd窗口。进
快照方式制作镜像（偶尔制作的镜像）：在基础镜像上，比如Ubuntu，先登录镜像系统并安装Docker软件，然后整体制作快照，即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：将软件安装的流程写成DockerFile，使用Docker build构建成Docker镜像。
sh 在第一个暂停中按“Enter”继续。 在第二个暂停中，将显示用户许可协议，按“Enter”阅读更多信息。 阅读完成后，输入“yes”，然后按“Enter”。 选择安装位置，按“Enter”。 安装完成后，输入“yes”。 初始化Anaconda配置并测试安装。 执行以下命令初始化Anaconda配置。
有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像
在创建Notebook时，如果“存储配置”选择的是“OBS”。Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作，即Notebook中的数据和OBS中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据，会同步到Notebook中，Notebook中的操作也会同步到OBS中，如图2所示。
health”文件夹，文件夹中包含config.ini配置文件，用于存储任务执行所涉及到的配置，如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改，如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息，为了避免密钥泄露，会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。
上传镜像到SWR镜像仓库 上传镜像前，您需要安装容器引擎并完成镜像的制作，详细操作请参考安装容器引擎、制作Docker镜像。如果您已经安装了容器引擎，请跳过该步骤。 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构
health文件夹，文件夹中包含config.ini配置文件，用于存储任务执行所涉及到的配置，如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改，如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息，为了避免密钥泄露，会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 清空配置请执行health
EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook，可为您提供在线的开发和调试工具，用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作，只需聚焦于科研工作，从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook的详细操作指导，请参见Jupyter Notebook使用文档。
【可选】根据网络情况，配置基础镜像中的PyPi Mirror，对下载进行加速。基础镜像中的PyPi Mirror，默认配置为华为云软件开发云的PyPi mirror。您可以在容器中执行如下命令，查看PyPi Mirror。如果您想用其他PyPi Mirror，可将命令中的index-url参数修改为您需要的PyPi
安装eihealth-toolkit 本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。 获取Windows版本的命令行工具，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。例如，放到C盘Users文件夹中。 图1 下载命令行工具 使用键盘win键+R，输入c
平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强： 单一可执行文件，方便拷贝与安装。 支持多操作系统，包括Windows、Linux（支持CentOS 7及以上版本和openEuler 20.03 LTS - openEuler
镜像时，请参考以下说明。 Dockerfile中不可以指定CMD以及ENTRYPOINT，否则会覆盖基础镜像启动脚本，引起异常。 基础镜像中的PyPi Mirror，默认配置为华为云软件开发云的PyPi mirror。您可以在容器中执行如下命令，查看PyPi Mirror。如果您想用其他PyPi
合物发现，先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速，大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。 全平台无需软硬件安装调试成本，开箱即用，随时可用。全平台包括盘古辅助制药赋能药物研发的全链条任务，将新药研发从“马拉松”迈向“加速跑”。 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令，请在本地搭建Docker环境，要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目，需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker
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