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者项目可以解除引用OBS类型数据。其他角色的用户仅能使用引用进来的OBS类型数据。 使用URL导入数据 使用URL方式将公网http/https/ftp链接的数据或者OBS中的数据导入。 单击数据中心右上角“URL导入”。 单击“添加URL”,填写URL地址。 选择需要导入数据的文件夹。
String 评估指标的名称 最小长度:1 最大长度:32 value Float 评估指标的评估结果 请求示例 查询一个自定义属性 GET https://{endpoint}/v1/{project_id}/custom-props/{task_id} 响应示例 状态码: 200 自定义属性任务查询成功响应
分子合成规划,列表内是reactions id score Float 当前分子合成路径的得分 请求示例 查询一个分子合成路径规划任务 GET https://{endpoint}/v1/{project_id}/task/synthesis/{task_id} 响应示例 状态码: 200
、项目可以解除引用OBS类型数据。其他角色的用户仅能使用引用进来的OBS类型数据。 使用URL导入数据 使用URL方式将公网http/https/ftp链接的数据或者OBS中的数据导入。 单击“添加数据”,类型选择“URL”。 单击“添加URL”,填写URL地址。 选择需要导入数据的文件夹。
表以及3D的形式查看。默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。 每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件,如果文件被删或者获取不到的话会有警告, 聚类结果不存在。此时可以单击“重新聚类分析”。 如果聚类失败,根据提示失败原因解决问题后,可单击“重新聚类分析”。 相关参数
upper Number 值域上限 upper_inclusive Boolean 是否包含值域上限 请求示例 查询一个CPI任务 GET https://{endpoint}/v1/{project_id}/task/cpi/{task_id} 响应示例 状态码: 200 CPI任务查询成功响应
RNA-Seq作业名称,进入详情页,查看执行结果。 图2 执行结果 作业运行完成后,单击应用进度条中的“输出参数”,可跳转至数据所在路径,获取运行结果数据。 父主题: 资产市场
值域上限 upper_inclusive 否 Boolean 是否包含值域上限 响应参数 无 请求示例 创建一个分子优化任务 POST https://{endpoint}/v1/{project_id}/task/optimization { "smiles" : "c1ccccc1"
-y default-jre perl wget zip # 下载FastQC,解压缩,设置FastQC可执行权限 RUN wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
在“项目管理”页面选择“作业”页签,单击创建的NGS作业名称,进入详情页,查看执行结果。 图2 执行结果 作业运行完成后,单击应用进度条中的“输出参数”,可跳转至数据所在路径,获取运行结果数据。 父主题: 资产市场
通过“上传作业”创建 通过在本地修改作业的yaml模板,运行分析作业。 获取作业yaml模板。 在“项目管理 > 作业”页签中,单击“上传作业”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get job -s命令获取创建作业的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成
-y default-jre perl wget zip # 下载FastQC,解压缩,设置FastQC可执行权限 RUN wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip
Summary作业名称,进入详情页,查看执行结果。 图2 执行结果 作业运行完成后,单击应用进度条中的“输出参数”,可跳转至数据所在路径,获取运行结果数据。 父主题: 资产市场
默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。 图16 查看聚类详情 每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件,如果文件被删或者获取不到的话会有警告, 聚类结果不存在。此时可以单击“重新聚类分析”。 如果聚类失败,根据提示失败原因解决问题后,可单击“重新聚类分析”。 相关参数
http://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.17.tar.bz2 wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10
默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。 图11 查看聚类详情 每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件,如果文件被删或者获取不到的话会有警告, 聚类结果不存在。此时可以单击“重新聚类分析”。 如果聚类失败,根据提示失败原因解决问题后,可单击“重新聚类分析” 相关参数
upper Number 值域上限 upper_inclusive Boolean 是否包含值域上限 请求示例 查询一个分子生成任务 GET https://{endpoint}/v1/{project_id}/task/generation/{task_id} 响应示例 状态码: 200
表以及3D的形式查看。默认展示卡片页面,用户可自行进行切换。 每个结果页面只用进行一次聚类分析操作。 聚类结果是存成文件,如果文件被删或者获取不到的话会有警告, 聚类结果不存在。此时可以单击“重新聚类分析”。 如果聚类失败,根据提示失败原因解决问题后,可单击“重新聚类分析”。 相关参数
QED: quantitative estimate of drug-likeness, 成药性。 结果解释:大于0.67为易获取,0.49 ~ 0.67不易获取,小于0.34为化合物太复杂。 SAscore: Synthetic accessibility score,合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。
指定用户的securitytoken。 --recover -z 否 待恢复下载任务结果清单文件的任务号。 任务号(TaskId)可在每次下载任务运行完毕后获取,或者通过结果清单文件名查询(文件名除去后缀.txt后的后36位)。 待恢复的下载任务会从结果清单的文件夹中查找,结果清单文件夹的路径参考附加参数--o。