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简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言，它能够很好的管理生信流程，并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用，可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移，并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的
th）平台搭建，流程以fastq格式数据作为输入，对碱基的质量信息进行评估，判断可靠程度，通过质控、比对、变异检测等步骤，最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。 该案例介绍NGS的搭建步骤，涵盖镜像、应用、流程制作方法。用户也可以使用“资产市场”提供的已经搭建好的“Variant
&& make install 按Esc键，并执行:wq保存并退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10 . 制作gatk-haplotypecaller镜像 在本地搭建Docker环境。 要求安装的容器引擎版本必须为1
如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录，请使用cd命令切换路径。例如，切换至D盘： cd /d d: 使用Linux版本命令行工具时，您需要在本地搭建Linux环境，并将下载的health文件放至所需的目录下。 如果当前目录为health所在目录，可以使用./health命令使用命令行工具。
h平台并生成数据库。同时，除了自定义数据库外，支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时，数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架，可通过数据库模板灵活的定义数据结构，描述数据及其关系。数据库以项目为粒度进行资源的隔离和访问控制，不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。
无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 获取json格式实例详情 health get task your-task -j your-job
上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。 可以将应用拖拽至画布中，并进行编排创建。 可以将流程放置到画布中进行编排修改。 可通过“概览”展示流程的结构图。 可通过
zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64.tar、health-linux-aarch64.tar.sha256 Linux AMD 64位 health-linux-x86_64.tar、health-linux-x86_64.tar
上传大于1GB数据 当数据过大，或者数据处于服务器上时，页面传输并不是很方便，所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令，将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 使用本地已填写好的应用模板app.yaml创建应用。 health create app D:\app
初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。 使用流程 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用，并将其编排调度，形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook，
对于可选参数，如果命令中包含了特殊字符，Windows系统下需使用""括起来，Linux系统下需使用''括起来。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 通过指定“workflow-id”修改流程。
的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。配置信息导入后，即可查询命令行工具支持的操作，并执行相关命令，使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。 执行health --help查询支持的操作命令。Linux系统下，需添加
无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 创建SYSTEM镜像类型的notebook health create notebook lmx-notebook-system
无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health delete job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1
无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health retry job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1
命令结构 health get quota [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health get quota # 执行成功返回结果如下 Name
无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health cancel job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1
命令结构 health get label [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health get label # 执行成功返回结果如下 Id
无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health create db instance demo --description desc
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