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是 作业ID(job-id)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health delete job f1
job-id 无 是 作业ID。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health retry job f17
创建study作业 功能介绍 创建study作业 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-pro
强制操作,不进行询问提示。默认为false。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health cancel job f1
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例,帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具,此样例基于开源的FastQC软件,将软件制作成镜像,上传至平台,并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用
template-id 无 是 模板id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health delete db template
创建自动作业 针对存在需要批量创建分析作业的场景,您可以选择创建自动作业。 在“自动作业”页签,您可以查看已创建的自动作业,包含作业名称、状态、数据表、创建者、创建时间;在操作列,您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作,运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件
创建数据库 功能介绍 创建数据库。 URI POST /v1/{project_id}/drug/databases 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数
创建分子生成作业 功能介绍 创建分子生成作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/generation 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
是 notebook id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health start notebook
创建分子对接作业 功能介绍 创建分子对接作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
的桶。 若设置了该参数,必须确保更新了配置文件中客户端跨区域复制的相关配置信息,具体可参考更新配置文件。复制时源桶对应的配置信息为配置文件中的:akCrr/skCrr/tokenCrr/endpointCrr,目标桶对应的配置信息为配置文件中的:ak/sk/token/endpoint。
使用get命令获取当前用户有权限访问的所有项目列表,以及项目信息,包含项目名称、ID、所有者、项目角色、存储大小、状态、创建时间、更新时间。 在使用该命令前,您需要通过平台创建项目。 命令结构 health get project <project-name> [flags] 表1 参数说明
是 notebook id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health delete notebook
应用是运行作业的最小单位,每个应用依托于一个镜像进行创建。 方式2使用直接制作好的应用。用户也可以自己制作镜像,并基于镜像创建应用。 本示例中制作FastQC镜像,并基于镜像创建应用,运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现
创建分子聚类作业 功能介绍 创建分子聚类作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id}/cluster 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health delete data-job
创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。
创建分子搜索作业 功能介绍 创建分子搜索作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
使用该命令前,您需要先创建项目,再使用switch命令进入该项目。 命令结构 health switch project <project-name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 是 需要进入的项目名称,名称在创建项目时由用户填写。 命令示例