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步骤4:查看与执行操作命令 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。
如何在Notebook中安装外部库 在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow-1
项目名称,在EIHealth平台创建项目时,由用户填写。 指定具体项目名称时,返回此项目的详情信息。 为空时,获取当前用户有权限访问的项目列表。 --current -c 否 同时使用project-name和--current,查询当前所在的项目详情信息。 --policy -p 否 查看项目的数据权限策略。
Container,简称SWR)进行简单易用、安全可靠的镜像管理。单击项目名称,进入所选项目,在“镜像”页签中,以列表形式展示了项目中的镜像。您可查看镜像的详细信息,执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如,您可将Cell Rang
查询应用 使用get命令查询应用的详细信息,该命令同时可用于获取应用模板。 命令结构 health get app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有应用信息。 指定app-id或app-name:
否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。 --k -k 否 指定用户的SK。 --t -n 否 指定用户的securitytoken。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
查询流程 使用get命令查询流程的详细信息,该命令同时可以用于获取流程模板。 命令结构 health get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有流程信息。 指定workflow-i
用docker images命令查看镜像是否pull成功。如果您本地已经有很多镜像,防止查询出全部镜像,可在docker images命令后面添加 | grep pegi3s使查询更精准。 查询fastqc软件命令。非常熟悉fastqc软件则可跳过此步骤。 复制上一步查找到的fastqc的id。利用docker
--password -w 是 密码。 --ak -a 是 AK(Access Key ID):访问密钥ID。 --sk -s 是 SK(Secret Access Key):与访问密钥ID结合使用的密钥。 --region -r 是 服务区域名称。依据购买服务所在的区域进行选择
├─OBS:obs-bucket-name # 引用的外部桶名 │ ├─path1 # 引用的外部桶的源路径 ├─OBSFS:obsfs-bucket-name: # 引用的外部并行系统名称 │ ├─path1 # 引用的外部并行系统的源路径 导入网络数据 Windows:
--platform-id xxx 表2 参数说明 参数 是否必填 说明 --ak 是 AK(Access Key ID):访问密钥ID。 --sk 是 SK(Secret Access Key):与访问密钥ID结合使用的密钥。AK、SK获取方法请参见步骤1:获取认证信息。 --region 是 服务区
searchable: true # 列是否可查询,必填 tips: uuid # 列的查询提示,非必填, 若该列为可查询列,可提供查询提示 - name: user_name description:
归档id,不指定id表示获取归档列表,指定id表示获取归档详情。 --limit -l 否 限制量,单次查询总量,必须由数字组成,默认为10,取值范围[0,1000],获取归档列表时生效。 --offset -o 否 偏移量,查询起始偏移,必须由数字组成,默认为0,取值范围[0,100000000],获取归档列表时生效。
com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh 安装Anaconda。 执行如下命令。 wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate
和DESC,默认DESC,只有在--data参数使用时才生效。 --columns -c 否 当某个数据库实例列数非常多时,查看数据时会由于机器显示界面限制导致换行难以查看,添加此参数可以只显示想要查看数据的列名,多个列名用分号隔开(;),只有在--data参数使用时才生效。 --project 无 否
task名称。如果是并发的task,那么默认获取索引号为0的task实例,如果要查看别的实例,格式: --task task名称;实例索引,如--task task-1;1。 --finish-from-time -x 否 查询任务完成起始时间。例如,2006-01-02 15:04:05。
删除数据库实例 使用delete命令删除数据库实例。 命令结构 health delete database instance <instance-id> [falgs] 或者 health delete db instance <instance-id> [falgs] 表1 参数说明
--instance-name -n 是 实例名称。 --event -e 否 该参数用于获取任务实例事件列表。不带该参数,默认输出任务实例详情(默认json格式)。 --file-path -p 否 获取任务实例详情时,设置任务实例详情下载路径。 --yaml -y 否 获取任务实例详情时,以yaml
无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health delete job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1
查询消息及已完成作业保留设置 使用get命令查询消息及已完成作业保留数目。 命令结构 health get retention [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health