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Nextflow 简介 安装/卸载Nextflow 新建流程 管理流程 新建作业 管理作业 约束限制 作业执行失败排查思路 父主题： 用户指南（基因平台）
-s 否 每个分段上传任务的段大小，单位：字节，取值范围是100KB~5GB，默认为配置文件中的defaultPartSize。 支持带容量单位配置，例如，配置1MB代表1048576字节。 支持配置为auto，此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd
Nextflow引擎生命周期管理 安装Nextflow 查询Nextflow配置详情 卸载Nextflow 清理Nextflow缓存 查询Nextflow版本列表 父主题： Nextflow接口
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1：获取认证信息 步骤2：下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3：初始化配置 步骤4：查看与执行操作命令
据不能在该项目中进行更改。只能用来运行作业，导入数据到数据库等操作。 图3 引用数据 URL导入数据 以URL导入的方式添加数据类似于linux中的wget操作。单击“添加URL”按钮可以添加具体的链接，最多可添加10条链接。 图4 URL导入数据
下载单个对象时可指定的对象版本号。 --ps -s 否 每个分段下载任务的段大小，单位：字节，默认为配置文件中的defaultPartSize。 支持带容量单位配置，例如，配置1MB代表1048576字节。支持配置为auto，此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd
”即可。流程中的每个process可以通过配置文件快速的定制并行执行的样本数目，大大节约了生信人员搭建组学分析流程的时间。 医疗智能体（EIHealth）平台集成了Nextflow框架，支持用户直接在医疗智能体（EIHealth）平台安装Nextflow。 父主题： Nextflow
例如，使用health mkdir input-data命令创建名为input-data的文件夹。 将本地数据上传至项目文件夹中。 例如，将Linux系统下root/health_test路径中xxx.R1.fastq.gz数据上传至ngs-project项目的input-data文件夹中。
当数据过大，或者数据处于服务器上时，页面传输并不是很方便，所以可以利用EIHealth平台的命令行工具进行数据文件、文件夹传输。命令行配置方法请参见配置命令行工具。 上传数据 使用命令行工具upload命令，将本地数据上传到EIHealth平台中。该命令不支持将数据上传到引用目录。
医疗智能体EIHealth平台迭代更新 支持消息、邮件、安全、商标设置。 支持通过命令行工具对平台进行管理和使用，支持Windows、Linux系统。 开放API 优化 优化流程的搭建和运行过程。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2020年11月 序号 功能名称 功能描述
docker pull bbimber/discvrseq:release-1.17 制作bwa-mem镜像 在本地搭建Docker环境。 要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 下载bwa和samtools软件。 wget http://downloads.sourceforge
与example.ipynb内容基本相同，为python脚本形式示例。 配置eihealth-toolkit（见example.ipynb中配置提示，需要添加config以及切换到当前目录）。 初始化配置请参考步骤3：初始化配置章节。 切换项目，请参考切换项目，运行成功时会提示： health
下待载文件大小与本地文件大小不一致。 文件的最后修改时间不一致。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 下载数据前需要使用switch命令进入待操作的项目。例如，使用health switch project
删除消息邮件配置 功能介绍 删除消息邮件配置 URI DELETE /v1/{project_id}/messages/email-server-config 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。
设置消息邮件配置 功能介绍 设置消息邮件配置 URI PUT /v1/{project_id}/messages/email-server-config 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。
查询Nextflow配置详情 功能介绍 查询Nextflow配置详情 调试 您可以在API Explorer中调试该接口，支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例，并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/nextflow/engines/{id}
获取消息邮件配置 功能介绍 获取消息邮件配置 URI GET /v1/{project_id}/messages/email-server-config 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。
获取跨域归档配置 功能介绍 获取跨域归档配置 URI GET /v1/{project_id}/system/archive-configs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1
获取供应商配置 功能介绍 获取供应商配置 URI GET /v1/{project_id}/system/vendor-config 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1
设置供应商配置 功能介绍 设置供应商配置 URI PUT /v1/{project_id}/system/vendor-config 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1
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