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^&^& python adme.py --file_in ${file-in} --file_out ${dir-out}/adme_info.txt ^> ${dir-out}/adme.log 2^>^&1"""";"cat ${dir-out}/adme.log" # Linux
图3 引用数据 URL导入数据 以URL导入的方式添加数据类似于linux中的wget操作。单击“添加URL”按钮可以添加具体的链接,最多可添加10条链接。 图4 URL导入数据
Linux和macOS使用时,多个路径使用;进行分隔,整个路径使用''引起。例如: ./health create archive lmx-test-cli --path 'newjob/;output/' 父主题: 数据管理命令
例如,将Linux系统下root/health_test路径中xxx.R1.fastq.gz数据上传至ngs-project项目的input-data文件夹中。 .
命令示例 Windows health docker push demo-image:v1.0 -d "this is a desc" -t APP Linux .
命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 上传数据前需要使用switch命令进入待操作的项目。
命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 增量同步上传 health sync .
例如,切换至D盘: cd /d d: 使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。 如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令使用命令行工具。
建议使用引号传递该匹配模式(macOS/Linux操作系统使用单引号,Windows操作系统使用双引号)防止特殊符号被操作系统转义,导致不可预期的结果。
使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。
支持通过命令行工具对平台进行管理和使用,支持Windows、Linux系统。 开放API 优化 优化流程的搭建和运行过程。
使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,ECS如果为Linux操作系统,可以依次执行如下命令快速安装容器引擎。
建议使用引号传递该匹配模式(macOS/Linux操作系统使用单引号,Windows操作系统使用双引号)防止特殊符号被操作系统转义,导致不可预期的结果。
命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 下载数据前需要使用switch命令进入待操作的项目。
请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。
镜像本身已默认安装health-linux-x86_64版本,如需其他版本请参考eihealth-toolkit使用说明。 运行示例: 例如用户在/path/to/examples目录下存在以下数据文件和结构。
快照方式制作镜像示例: 本示例中使用华为云弹性云服务器服务(ECS)创建一台云服务器,并使用快照方式制作bwa镜像。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后,在云服务器列表页,选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”,输入ECS初始账号,登录ECS。
服务器地址:邮箱开通SMTP功能时的服务器地址,不同邮箱开通SMTP方式不同,请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址:填写邮箱地址,用于发送EIHealth平台的消息通知。 用户名:邮箱的用户名,如果未修改过,默认为邮箱地址。
最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 server 是 String 服务器地址 最小长度:1 最大长度:128 user_name 是 String 用户名 最小长度:1 最大长度:128 password 是 String
413 Request Entity Too Large 由于请求的实体过大,服务器无法处理,因此拒绝请求。为防止客户端的连续请求,服务器可能会关闭连接。如果只是服务器暂时无法处理,则会包含一个Retry-After的响应信息。