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1版本的OpenMPI为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 安装HPC-X工具套件。 下载需要的HPC-X工具套件以及OpenMPI。 使用社区OpenMPI时,需要同时使用Mellanox的HPC-X 套件,HPC-X 的下载需要参考弹性云服务器操作系统的版本以及IB驱动版本
本节指导用户安装和使用IB驱动自带的OpenMPI(以版本3.0.0rc6为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 检查是否已安装IB驱动。 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 执行以下命令,切换为root 用户。 $ sudo su 执行以下命令,防止系统超时退出。
操作场景 本节指导用户在ECS上安装和使用Platform MPI应用(以版本platform_mpi-09.01.04.03r-ce为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 安装Platform MPI。 执行以下命令,安装需要的库文件。 # yum install
企业分支、科研组织机构等跨全球地理位置进行及时协同工作,提高效率。 可以利用公有云的跨地域能力,共享计算资源,海量数据,并能实现云端大数据分析。 优化性能 性能比普通云服务器大幅提升。 通过虚拟化优化(SR-IOV、PCI直通)等,各类测试报告显示:大规模云化HPC性能损耗不大。 约束与限制
基于STAR-CCM+部署HPC集群 方案概述 资源和成本规划 STAR-CCM+部署HPC集群流程图 实施步骤 附录 父主题: 弹性云服务器场景最佳实践
MPI运行可执行文件。其中, IP代表集群中的弹性云服务器IP地址。 Number代表该弹性云服务器的任务数。 假设集群中共有两个弹性云服务器,主机名分别是host-192-168-0-27和host-192-168-0-75,可执行程序的目录为/root/spe_hello,文件名为spe_hello,则命令行如下:
} $ mpicc hello.c -o hello 不同版本的MPI运行的hello文件是不同的,都需要使用命令mpicc hello.c -o hello对hello.c文件重新编译。 执行以下命令,在单个BMS上运行社区OpenMPI。 $ mpirun -np 2
修改Makefile文件01 图2 修改Makefile文件02 执行以下命令,编译lammps,并将当前目录生成的lmp_mpi文件拷贝至“/share”目录。 make mpi 步骤3 配置lammps 算例输入文件。 以melt为例,生成一个算例melt.in文件。设置每迭代10
在HPC集群上运行Spectrum MPI 在HPC集群上运行Intel MPI 在HPC集群上运行Platform MPI 父主题: 弹性云服务器场景典型应用
建议从官方网站获取 1 - 4 通用计算增强型弹性云服务器C6h系列 操作系统:CentOS 7.6 规格:c6h.22xlarge.4.physical 华为 >1 以华为云管理控制台显示为准。 5 SFS Turbo 提供按需扩展的高性能文件存储。 华为 1 以华为云管理控制台显示为准。
该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行社区MPI应用(3.1.1版本)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。 操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 登录用户为创建弹性云服务器时指定的用户名。
依次登录集群中所有ECS,重复执行步骤1.1~步骤1.3,关闭所有ECS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台ECS。 执行以下命令,查看ECS的主机名。 # hostname 图2 查看ECS的主机名 依次登录集群中所有ECS,重复执行步骤2.1~步骤2.2,获取所有ECS的主机名。
该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行IB驱动自带的MPI应用(3.0.0rc6版本)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。 操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 登录用户为创建弹性云服务器时指定的用户名。
依次登录集群中所有ECS,重复执行1.a~1.c,关闭所有ECS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台ECS。 执行以下命令,查看ECS的主机名。 # hostname 图2 查看主机名 依次登录集群中所有ECS,重复执行2.a~2.b,获取所有ECS的主机名。 登录集群中任意一台ECS。
3的OS为例在单节点上运行MPI应用。 裸金属服务器场景支持使用的MPI 安装和使用IB驱动自带的Open MPI 安装和使用社区OpenMPI 安装和使用Spectrum MPI 安装和使用Intel MPI 安装和使用Platform MPI 父主题: 裸金属服务器场景典型应用
密登录。 # 生成ssh公钥和私钥 ssh-key-gen # 拷贝公钥到指定主机的~/.ssh/authorized_key文件中 ssh-copy-id root@目标主机IP 例如:ssh-copy-id root@192.168.0.166 配置ssh第一次登录免输入yes
实施步骤 创建HPC私有镜像 创建弹性云服务器 配置节点互信 创建SFS Turbo 挂载共享目录 通讯录安装 MPI安装 STAR-CCM+安装与运行 父主题: 基于STAR-CCM+部署HPC集群
附录 常见问题 主要概念 父主题: 基于STAR-CCM+部署HPC集群
远程直接内存访问(即Remote Direct Memory Access)是一种直接内存访问技术,它将数据直接从一台计算机的内存传输到另一台计算机,无需尤其是面对高性能计算HPC、大数据分析和浪涌型IO高并发、低时延应用,现有TCP/IP软硬件架构和应用高CPU消耗的技术特征根本不能满足应用的需求。
MPI_Finalize(); } $ mpicc hello.c -o hello 不同版本的MPI运行的hello文件是不同的,都需要使用命令mpicc hello.c -o hello对hello.c文件重新编译。 执行以下命令,在单个BMS上运行社区OpenMPI。 $ mpirun -np 2