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程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu_type String gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu_type 否 String gpu架构类型,取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
EIHealth流程管理命令 流程配置文件说明 创建流程 修改流程 查询流程 删除流程 导入流程
表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 bucket_lifecycle Integer 追踪器配置转储生命周期 data_event Array of strings 追踪器配置监听事件 请求示例 查询项目追踪器 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1:获取认证信息 步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:查看与执行操作命令
Nextflow引擎生命周期管理 安装Nextflow 查询Nextflow配置详情 卸载Nextflow 清理Nextflow缓存 查询Nextflow版本列表 父主题: Nextflow接口
附录 状态码 错误码(医疗智能体与盘古辅助制药平台) 错误码(AI辅助药物设计) 获取项目ID 配置OBS访问权限
删除项目 获取项目详情 更新或者添加项目成员角色 移除项目成员 转移项目 批量删除项目成员 获取项目审计日志追踪器 更新项目审计日志追踪器配置 获取项目审计日志 获取指定审计日志 下载近一万条审计日志 父主题: 项目管理
图2 获取作业结果 同时,项目支持导出作业的元数据信息,包括以下内容。 作业的基本配置信息,以yaml文件导出,包含作业名称,依赖的workflow名称/版本,基本的CPU/Memory配置,输入输出参数等信息。 作业的运行信息,包括每个任务的启动、停止时间、运行状态,日志链接等。
BindingSite 参数 是否必选 参数类型 描述 protein 否 String 蛋白质3D结构,使用gzip压缩然后转base64格式 最小长度:1 最大长度:10000000 bounding_box 否 表7 object 结合口袋,包含口袋中心位置和尺寸大小 表7 BoundingBox
参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
and 表9 BindingSite 参数 参数类型 描述 protein String 蛋白质3D结构,使用gzip压缩然后转base64格式 最小长度:1 最大长度:10000000 bounding_box BoundingBox object 结合口袋,包含口袋中心位置和尺寸大小
安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎,可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
[flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 job-id 无 是 作业ID。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
BindingSite 参数 是否必选 参数类型 描述 protein 否 String 蛋白质3D结构,使用gzip压缩然后转base64格式 最小长度:1 最大长度:10000000 bounding_box 否 BoundingBox object 结合口袋,包含口袋中心位置和尺寸大小
表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 ID 无 是 作业ID(job-id)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
参数 简写 是否必选 说明 notebook-id 无 是 notebook id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
因组DNA, 进行高通量测序分析,或克隆DNA到合适的载体,导入宿主菌体,筛选目的转化子等工作。 该流程主要基于Kraken2构建,跟进数据库进行物种注释。 RNA Cufflinks transcriptome analysis process 二代基因组测序即Next Generation
设置picard-insertsize输入数据 若是想查看已经设置好的参数,可以按照下图步骤进行查看,同时若发现指定的参数有问题,也可再此处进行删除参数。 图11 删除参数 配置好参数后变可以单击右上角“启动作业”按钮进行启动作业,同时会跳转回作业列表。 图12 作业列表 步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果 在
image-name 无 是 要导入的镜像名称。 tag-name 无 是 要导入的镜像tag名称。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 从源项目lmx-project-02导入镜像到当前项目。 health docker import lmx-p