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用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称,取值范围:[1
作业配置文件说明 流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。 获取作业模板
重命名导入模板名称,不填时与源模板名称保持一致。 --current-project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health import db template
├─eihealth-project-name # 引用的项目名 │ ├─path1 # 引用的项目的源路径 ├─OBS:obs-bucket-name # 引用的外部桶名 │ ├─path1 # 引用的外部桶的源路径 ├─OBSFS:obsfs-bucket-name:
为当前项目。例如ngs:1.0:srcproject。 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。 --summary -s 否 流程的简要描述。 --description -d 否 流程的详细描述。 --output_dir -o 否 输出路径。不指定时,以当前项目的根目录为工作路径。
创建流程 功能描述 通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径,可以是zip或nf文件。
Agent,被设计为具有独立思考和行动能力的AI程序,只需提供一个研究目标和数据路径,即可自适应生成一个任务序列执行分析任务。 生信智能体AI Agent可以应对激增的多组学数据分析需求、高成本的生物信息学培训和满足不同应用场景的个性化需求,为多领域生命科学研究提供高效、定制化的数据分析支持。 使用g
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 FormData参数
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
task_index 否 String 子任务的并发序号 缺省值:0 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表3 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,
String 异步任务的状态:等待中、运行中、已完成、失败 枚举值: waiting running finished failed task_data CpiTaskData object CPI任务的请求体 result CpiResult object CPI任务的返回结果 表4 CpiTaskData
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
--name -n 是 作业名称。 --description -d 否 作业的详细描述信息。 --labels -l 否 作业标签列表。以","分隔,如:"a,b"。 --add-command -a 否 作业额外执行的命令,如:--param1 hello。 --params -p 否
失败原因,当自动作业执行失败时会返回,比如依赖的数据表,流程不存在等等 user_name String 自动作业的创建者 tool_info ToolInfoDto object 作业依赖的组件信息 database_id String 自动作业依赖的数据表ID database_name
分子ADMET属性值列表 similarity Number 分子与初始分子的相似度 num_fulfilled_weak_constraints Integer 分子所满足的弱约束数量 score Number 分子的打分 表8 MoleculeConstraint 参数 参数类型 描述
表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用,并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时间,可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码:
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令,请在本地搭建Docker环境,要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目,需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker tag
numbers 口袋中心坐标; x, y, z轴的坐标 size Array of numbers 口袋尺寸大小; x, y, z轴的大小 最小值:1.7 最大值:500 表11 CustomProp 参数 参数类型 描述 id String 自定义属性的ID(API侧) 最小长度:1 最大长度:64
属性约束类型bool的参数 range 否 Array of numbers 属性约束类型range的参数 struct 否 表5 object 结构约束参数 quantiles 否 Array of numbers 属性约束类型minimize和maximize的参数 最小值:0.0