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针对不同操作系统,eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64.zip.sha256 Linux ARM 64位 health-linux-aarch64
是否平衡电荷。 缺省值:true water_model String 水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。 缺省值:tip3p force_field String 蛋白立场,支持选择amber03, amber94, amber96,
String 流程名称 description String 流程描述 labels Array of strings 流程标签 workflow_file String 流程的文件名 workflow_file_url String 流程的文件名下载地址 main_file String
to pdbqt:将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf:将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor pdb to pdbqt:将受体的pdb文件转换为pdbqt文件。 task-4-qvina-w:分子对接。
药物通用接口 生成分子SVG图 生成分子SDF三维结构 受体预处理 受体信息解析 受体口袋检测 配体格式转换为SMILES 生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务
是否平衡电荷。 缺省值:true water_model 否 String 水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。 缺省值:tip3p force_field 否 String 蛋白立场,支持选择amber03, amber94, amber96
使用get命令查看归档列表或者下载归档的全部数据清单。 命令结构 health get archive <archive-id> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-id 无 否 归档id,不指定id表示获取归档列表,指定id表示获取归档详情。
最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 DatabaseFile object 数据库文件。 description 否 String 数据库描述。 最小长度:0 最大长度:1024 表4 DatabaseFile 参数 是否必选 参数类型 描述
description: dasdad enum: [] values: [] - name: input2 pattern: "" type: FILE required: false description: ""
ligand-smiles-to-3dsdf 将配体的smiles结构式转换为sdf文件。 ligand-3dsdf-to-pdbqt 将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 receptor-pdb-to-pdbqt 将pdb文件转换为pdbqt文件。 qvina-w 执行分子对接操作(此处为blind
选择AI引擎“Python 3” 编写文件 新建文件后,自动进入文件编写页面,您也可以单击文件名称进入。 图3 编写文件 表1 编写文件页面介绍 区域 区域名称 详细说明 1 文件名称 您可以在此区域填写自定义的文件名称,修改保存后,对应的File列表也将发生变化。 2 菜单栏 菜单栏中有Fil
conda activate py37 生成Notebook kernel。 conda install -n py37 ipykernel python -m ipykernel install --user --name py37 --display-name "conda_py37"
模型名称,取值范围:[5,32],允许大小写字母、数字、下划线(_)、中划线(-)和空格,只能以字母开头。 最小长度:5 最大长度:32 description 否 String 模型描述信息。 最小长度:0 最大长度:1024 type 是 String 模型类型。 枚举值: binary
数据库名称,长度为5-32个字符,首位需以小写英文字母开头,仅可以使用小写字母、数字、下划线“_”和中划线“-”。 最小长度:5 最大长度:32 description 否 String 数据库描述。 最小长度:0 最大长度:1024 css_id 是 String css集群id。 最小长度:1
"name" : "database_name", "status" : "ACTIVE", "description" : "description", "create_time" : "2024-01-30T02:34:36Z", "update_time"
summary: 'summary' # 应用简述 取值范围[0,128] description: 'description' # 应用描述 取值范围[0,65535],后续支持markdown文本 labels:
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--summary -s 否 应用的简要描述。 --description -d 否 应用的详细描述。 --commands -c 否 镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例。 --image -i 否 镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址。 --labels -l 否 标签,多个标签使用;符号分隔开。
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