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使用NGS的详细步骤如下所示: 步骤1:订阅流程 步骤2:上传待分析数据 步骤3:创建分析作业 步骤4:查看执行结果 步骤1:订阅流程 使用NGS流程前,需要您在资产市场中订阅该流程。 在“资产市场”中查找“Variant Calling Based On NGS”流程。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。
<project-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 是 项目名称。 --description -d 否 项目描述。 -tags -t 否 项目标签,多个标签使用分号(;)分隔。 --policy -p 否 设置项目级数据权限策略。
单击“流程文件”后面的“添加”,添加流程文件。 如果流程文件上传的是zip包,则可以选择添加“主文件”。主文件必须为.nf,为压缩文件夹中的文件完整路径。例如:main.nf。若不填写,默认为main.nf。 支持上传的文件格式为nf、 zip,大小不能超过10M。zip包文件个数规格为1024个,单个文件解压后限制,不超过10M。
最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 标签名称 最小长度:1 最大长度:32 description 否 String 标签描述 最小长度:0 最大长度:1024 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型
查询配体相似性图计算任务 功能介绍 查询配体相似性图计算任务。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/similarity-graph/{task_id}
查询IAM用户列表 功能介绍 查询IAM用户列表 URI GET /v1/{project_id}/iam/users 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
每个小分子支持“查看详情”可以进入小分子的属性详情页;支持“下游分析”,可以进行分子属性预测、分子搜索、分子优化、合成路径规划分析。 图5 查看结果(2) 图6 查看结果(3) 查看作业信息页面。 从作业结果页面单击“作业信息”查看作业信息界面。 图7 查看作业信息 父主题: 苗头化合物发现
作业名称,取值范围:[1,63],以小写字母开头,允许出现中划线(-)、数字和小写字母,且必须以小写字母或数字结尾 description: description # 作业描述,取值范围:输入字符最大长度为255 priority:
objects 标签详情 表4 LabelRsp 参数 参数类型 描述 id String 标签id name String 标签名称 description String 标签描述 creator String 标签创建者 create_time String 标签创建时间 update_time
"custom_prop_name", "type" : "numerical", "description" : "custom_prop_description" } } ] } 响应示例 状态码: 201 分子生成任务成功提交响应,返回分子生成任务ID
查询靶点口袋发现作业详情 功能介绍 查询靶点口袋发现作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-detection/{job_id} 表1 路径参数
查询分子合成路径规划任务 功能介绍 通过分子合成路径规划任务ID查询分子合成路径规划任务状态及结果。 URI GET /v1/{project_id}/task/synthesis/{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
"custom_prop_name", "type" : "numerical", "description" : "custom_prop_description" } } ] } 响应示例 状态码: 201 CPI成功提交响应,返回CPI任务ID "
下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据拷贝、数据删除、数据下载、数据归档、恢复数据等操作均为系统的异步任务,您可以在“消息中心”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“作业 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面,支持通过作业类
t-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 description 否 String 项目描述 最小长度:0 最大长度:1024 name 是 String 项目名称 最小长度:3 最大长度:45
/opt RUN yum makecache && \ yum install -y make gcc ncurses-devel bzip2-devel xz-devel zlib-devel&& \ cd /usr/local/bwa-0.7.17 && make &&
DATABASE_IMPORT --end-time -e 否 查询该时间之前创建的数据作业,获取数据作业列表时生效。 时间类型为时间戳。 --status -s 否 数据作业状态,根据作业状态筛选作业,获取数据作业列表时生效。 --begin-time -b 否 查询该时间之后创建的数据作业,获取数据作业列表时生效。
"custom_prop_name", "type" : "numerical", "description" : "custom_prop_description" } } ] } 响应示例 状态码: 201 分子优化任务成功提交响应,返回分子优化任务ID
create label [name] [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 name 不涉及 是 标签名。 description -d 否 标签描述。 命令示例 health create label name -d xxx { "id":
是否平衡电荷。 缺省值:true water_model 否 String 水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。 缺省值:tip3p force_field 否 String 蛋白立场,支持选择amber03, amber94, amber96