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步骤3：初始化配置 在使用命令行工具前，需要初始化配置信息，通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程，Linux和macOS环境配置过程相同。 命令结构 执行health config add命令进行初始化配置。 health
使用create workflow命令引用本地的配置文件，创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。 --description
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台，创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
获取作业配置 功能介绍 获取作业配置 URI GET /v1/{project_id}/system/job-config 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128
描述，带此参数时会覆盖yaml文件里面的模板描述。 --yaml -y 是 本地模板yaml文件。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。
设置作业配置 功能介绍 设置作业配置，目前支持修改作业保存条数(1万条-1000万条)，默认设置为500万条； URI PUT /v1/{project_id}/system/job-config 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
系统配置和供应商配置 查询系统配置列表 获取供应商配置 设置供应商配置 获取跨域归档配置 修改跨域归档设置 父主题： 系统管理
隔符。 --files -f 否 生成实例数据的文件列表，多个文件用分号(;)分隔。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。
用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型，取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用
作业配置文件说明 流程创建完成后，可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台，运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业，运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。
作业清理配置 获取作业配置 设置作业配置 父主题： 系统管理
e-configs/{region_id} 响应示例 无 状态码 状态码 描述 200 OK 错误码 请参见错误码。 父主题： 系统配置和供应商配置
数据归档配置 设置平台数据归档的区域。 在账号下面选择“系统设置”。 图1 选择系统设置 进入系统设置页面，设置数据归档配置区域。 图2 配置数据归档区域 父主题： 系统设置
EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook，可为您提供在线的开发和调试工具，用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作，只需聚焦于科研工作，从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook的详细操作指导，请参见Jupyter Notebook使用文档。
NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。 例如，使用health
和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用 最小长度：0 最大长度：24 gpu_type 否 String gpu架构类型，取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用
默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用 最小长度：0 最大长度：24 memory 否 String 内存申请使用量，取值范围[0.1-3072]，单位G，支持一位小数。对于应用，不填默认1G；对于流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用
获取完整的描述信息。 --chip -c 否 镜像芯片类型，只支持ARM或者X86。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 Linux ./health docker update lmx-project-01/demo-image --type
和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用 最小长度：0 最大长度：24 gpu_type 否 String gpu架构类型，取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用
考虑到数据的安全，服务无法直接获取到用户数据，需要用户开启OBS的公共读授权。 开启公共读权限 开启公共授权，则数据全网可见，所有用户均可访问。 配置公共读可参考配置标准桶策略，将桶策略设置为“公共读”。一般私密数据不建议用此方法。 目前仅支持访问用户个人OBS下的链接，不支持读取其他用户公共读的链接。
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