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最大长度:63 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 项目id 请求示例 创建项目,设置描述、名称、标签 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-projects
最小长度:0 最大长度:10000000 add_hydrogen 否 Boolean 增加氢原子。 缺省值:true 响应参数 无 请求示例 设置受体蛋白文件为1TQN.pdb,配体小分子为1TQN.pdb,拼接成复合物结构。 https://{endpoint}/v1/{proje
进入流程设计器页面。单击输入参数图标,设置输入数据。 图6 流程设计器 单击应用图标,弹出编辑图标,单击按钮,设置应用参数。 在“高级参数”下面可以设置加速类型。如果作业加速类型选择“无”,task加速类型可以任意选择。如果作业加速类型选择IO加速或者本地盘加速,则此处task加速类型无法设置。 参数确认
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装,安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
--obs-endpoint -o 否 OBS终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。 --obs-install-path -q 否 设置obsutil安装路径,默认安装在当前运行目录。 设置时,该路径必须为obsutil运行文件名,如/home/path/obsutil、/home/path/obsutil-1
--commands -c 否 镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例。 --image -i 否 镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址。 --labels -l 否 标签,多个标签使用;符号分隔开。 --nodeLabels -n 否 用于让应用调度到设置了该标签的节点上。 标签数量取值范围[0
项目简介 项目是EIHealth平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。您可
免误删造成损失。 在“数据”页面单击“归档”,进入归档数据页面。 图1 选择归档 填写归档的参数信息。 表1 参数说明 参数 说明 名称 设置归档数据的名称。归档名称长度为1-100。 描述 归档数据描述信息。 归档类型 选择归档数据存储类型。默认为标准存储。 标准存储:适合高性能,高可靠,高可用,频繁访问场景。
由于molstar插件自身问题,部分靶点文件中存在REMARK行,会导致受体展示不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示: 分子优化靶点设置界面,受体展示正常。 但是下载该靶点文件后,使用通用工具Mol 3D Viewer打开,会出现蛋白显示不完整的情况,如下图所示。 此时可将
强制操作,不进行询问提示,上传文件夹时可选。 --flat -l 否 上传文件夹时,只上传该文件夹下的所有内容,上传文件夹时可选。 --update -u 否 增量上传操作,设置该参数后上传每个文件时会比对平台数据路径中的文件,仅在以下情况时上传数据: 文件不存在。 待上传文件大小与平台文件大小不一致。 文件的最后修改时间不一致。
移除子用户 安全设置 在用户管理页面,可以重置用户的邮箱、手机号和密码信息。在用户操作列,单击“安全设置”,重置用户的相关信息。 图3 重置用户信息 配额设置 您可以对用户管理中的某个用户设置配额。在用户操作列,单击“配额设置”,设置用户资源配额。 图4 用户配额设置 父主题: 用户管理
主键用于唯一地标识数据表中的信息,可通过设置复合主键将数据表中的多个数据设置为唯一,主键至多设置10个。 允许为空 主键所包含的列不允许设置为空。当数据库中某些数据允许没有值时,可设置为空。 是否可查询 依据模板中定义的列信息,给出数据库中可进行查询的数据,可查询至多设置10个。 描述 当参数设置为可查询时,可以添加描述信息。
工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何通过循环读取输入数据,批量运行NGS。同时,您也可以参考本示例,将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。
新建研究 进入“专题”页面,单击“新建研究”。 图1 新建研究 参考表1,设置运行信息。 表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好,并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。
选择“自定义”镜像。 工作环境 选择“genomeagent”镜像。 CPU 设置CPU为4.0核。 GPU 设置GPU为0。 内存 设置内存大于8G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
指定的资源节点上,标签设置方法请参见计算资源标签管理。 图4 CPU、内存、GPU 填写参数。 通过阅读FastQC命令说明,了解命令。 图5 FastQC命令 填写所需的输入参数。 图6 输入参数 填写所需的输出参数。 因镜像启动命令中指定了输出参数,设置输出参数时,需勾选“必
Notebook的简要描述。 镜像类型 选择自定义镜像。 工作环境 选择已上传的自定义镜像。 CPU 设置CPU大小。 GPU 设置GPU大小。 内存 设置内存大小。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。
据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。 您可以导入本项目或使用其他项目中的数据生成数据库。 选择好文件后,通过设置数据的分隔符、跳过的行数来设置有效数据的起始位置。 常见的分隔符有“;”、“,”、“\t”,除此之外您也可以使用其他分隔符。以图1为例,分隔符为制表符,创
填写“超时时间”、“输出路径”。 为可选参数,基于流程创建分析作业时,该参数可重新定义。 “超时时间”指作业运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟,即作业运行至多100天。 “输出路径”指运行分析作业时的输出结果存放路径。 例如,gene-as
项目名称。取值范围3~45个字符,包含数字、小写字母、下划线、中划线,且只能以小写字母数字开头结尾。 项目创建成功后,不支持修改名称。 描述 设置项目描述。 图2 创建项目 单击“确认”,创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限,同时项目可以分享给其他用户,并限定其他用