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修改计算资源 修改计算资源节点。 命令结构 health edit compute-resources [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 --force -f 否 是否强制操作。 --labels -l 否 需要添加或删除的标签列表。json数组格式。如:-l
列举对象 使用ls命令查询EIHealth项目中的对象,返回的对象名称按照字典序排列。同时,该命令支持显示引用的其他项目的数据。 在使用该命令前,需要使用switch命令进入待操作的项目,才可以执行数据相关操作,使用逻辑与EIHealth平台相同。 命令结构 health ls <path>
获取系统配额信息 使用get命令获取系统配额信息。 命令结构 health get quota [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get quota
重试作业 使用retry命令重试作业。 命令结构 health retry job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 job-id 无 是 作业ID。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例
查询作业详情 使用get命令查询作业的详细信息,该命令同时可以用于获取作业模板。 命令结构 health get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有作业信息。 指定job-id时,列出具体作
修改性能加速资源 修改性能加速资源节点。 命令结构 health edit performance-resource <ID> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 --job-quota -j 否 修改性能加速资源作业配额。 --schedulable
获取任务信息 功能描述 获取任务相关信息,如任务日志、详情。 命令结构 health nextflow get task <task-id> --jobId <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 task-id 不涉及 否 任务id,如果不传,那么获取的是任务列表。
启动作业 通过使用create或 submit命令引用本地的配置文件,启动分析作业。 命令结构 health create job [flags] # create和submit作用相同 health submit job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明
创建子目录 使用mkdir命令,在当前目录下创建子目录,此命令不支持在引用的项目中创建子目录。 命令结构 health mkdir <name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 name 无 是 子目录的名称。 --e -P 否 指定终端节点。 --i -i 否 指定用户的AK。
删除指定作业 功能描述 删除指定作业 命令结构 health nextflow delete job ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 作业id 命令示例 health nextflow delete job f17a3542-3f7c-1
删除指定作业 使用delete命令删除指定作业。 命令结构 health delete job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 ID 无 是 作业ID(job-id)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例
添加项目成员角色 使用add命令将用户添加至项目,并赋予成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health add member <member-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 member-name 无 是 用户名称。
修改项目成员角色 使用update或edit命令修改项目成员角色。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health update member <member-name> [flags] 或 health edit member <member-name> [flags]
删除数据作业 使用delete命令删除数据作业。 命令结构 health delete data-job <data-job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
重试作业 功能描述 重试作业。 命令结构 health nextflow retry job <job-id> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业ID -- params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径 命令示例
启动作业 功能描述 通过引用本地参数文件,启动nextflow作业。 命令结构 health nextflow create job [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow-id -w 是 nextflow作业ID。 --name -n 是
移除项目成员的角色 使用delete命令删除项目成员的角色,并将成员移除项目。项目的所有者和管理员有权限执行该操作。 命令结构 health delete member <member-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 member-name
删除计算资源节点 删除计算资源节点。 命令结构 health delete compute-resources <node id> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 node id 不涉及 是 计算节点id。 命令示例 删除计算节点 health delete compute-resources
在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出,对于由多个应用搭建出来的流程,命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系,完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程,创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。 获取流程模板
获取任务实例 使用get命令获取任务实例相关信息,如任务实例事件、任务实例详情。 命令结构 health get task <task-name> --job-id <job-id> --instance-name <instance-name> [flags] 表1 参数说明