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S集群。 若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。 在平台侧需要解绑并重新绑定。 CSS资源到期。 在云搜索服务的集群管理列表页,找到需要续订的计费模式为“包年/包月”的集群。
请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址:填写邮箱地址,用于发送EIHealth平台的消息通知。 用户名:邮箱的用户名,如果未修改过,默认为邮箱地址。 密码:邮箱开通SMTP功能时生成的一段随机字符。 消息头:发送邮件时,邮件标题。 语言:选择中文或英文。 删除邮箱后,将不再发送邮件通知。
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
上传数据方式选择相应的数据上传方式。 表1 上传数据方式 上传数据方式 说明 “数据中心”页面上传 通过“数据中心”页面上传数据,支持上传最大为1GB,最多20个文件。 数据上传方法请参见“数据”页面上传。 父主题: 数据管理
图2 选择成员 单击“确定”,将用户添加至项目中。 移除、修改项目成员 单击项目名称后面,进入项目设置页。 选择“成员管理”,在“权限”列重新设置项目成员角色。 详细项目成员角色和权限介绍请参见成员角色和权限。 图3 移除、修改项目成员 选中成员,单击操作列“移除”,将成员从项目中移除。
anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh 安装Anaconda。 执行如下命令。 wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64
Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 FormData参数 参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 File 模板文件 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 模板id 请求示例 上传模板 https://eihealth
最大长度:128 表2 Query参数 参数 是否必选 参数类型 描述 type 否 String 桶类型。OBJECT:桶列表;PFS:并行文件系统。不传返回所有 请求参数 表3 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户
最小长度:1 最大长度:32768 表3 FormData参数 参数 是否必选 参数类型 描述 params 否 File 流程参数列表文件,取值范围[0, 10M] 响应参数 无 请求示例 重试Nextflow作业 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台
在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 项目 项目是EIHealth平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过划分角色实现项目权限的划分。
分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。
FINISHED、CANCELLED、ABNORMAL、FAILED。 最小长度:1 最大长度:16 filename String 下载文件名。 最小长度:1 最大长度:512 out_dir String 下载路径。 最小长度:1 最大长度:2000 progress TaskProgress
描述:根据需要填写。 输出路径:可选择“数据库表”和“自定义”。选择“自定义”时,存放输出结果的路径,格式以/开头。例如项目中的output文件夹,输出路径可设置为/output。不填写路径时,默认以“作业名-UUID”格式生成输出路径。 优先级:运行优先级,分为0~9级,优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。
说明 项目名称 项目名称。取值范围3~45个字符,包含数字、小写字母、下划线、中划线,且只能以小写字母数字开头结尾。 项目创建成功后,不支持修改名称。 描述 设置项目描述。 图2 创建项目 单击“确认”,创建一个新的项目。 项目的创建者默认拥有项目的完整权限,同时项目可以分享给其他
在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 EIHealth平台使用容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)进行简单易用、安
执行策略(true:全部覆盖,false:全部跳过,默认为true) 缺省值:true target_folder 否 String 目标文件夹 最小长度:1 最大长度:2000 version 是 String 版本号 最小长度:1 最大长度:128 响应参数 状态码: 202
描述 job_id 是 String 作业ID。 最小长度:1 最大长度:128 job_result_url 是 String 作业结果文件url。 最小长度:1 最大长度:2000 mode 是 String 下载类型:MOL(小分子)、COMPLEX(复合物)。 最小长度:3
strings 复制的路径集 最小长度:1 最大长度:2000 数组长度:0 - 50 target_folder 否 String 目标文件夹 最小长度:0 最大长度:2000 响应参数 状态码: 202 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 数据作业ID
列表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用,并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时间,可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数