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Editor Mol Editor工具可以查看小分子的2D结构,以及编辑分子结构。 单击“功能模块 > 通用工具 > MOL Editor”,进入Mol Editor页面即可操作。可以通过单击右上角的“保存”,将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题: 通用工具
database_id 是 String 数据库实例id 最小长度:1 最大长度:128 表2 Query参数 参数 是否必选 参数类型 描述 limit 否 Integer 返回记录限制 最小值:1 最大值:1000 缺省值:100 query 否 String 查询条件,例如START::g
查询模板列表 功能介绍 查询模板列表 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{
of DatabaseColumnDto objects 数据库列信息列表 create_time String 创建时间 primary_key String 主键 is_prefab Boolean 是否是预置模板 表5 DatabaseColumnDto 参数 参数类型 描述
d}/databases/{database_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id
n。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 column_values 是 Array of ColumnValueDto objects 列及对应值列表 数组长度:1 - 100 表4 ColumnValueDto 参数 是否必选
n。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 column_values 是 Array of ColumnValueDto objects 列及对应值列表 数组长度:1 - 100 表4 ColumnValueDto 参数 是否必选
tabases/{database_id}/data 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id
atabase_id}/data/{row_num} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id
和属性信息。 图2 查看结果 单击操作列的“查看详情”,可查看聚类详细信息。 聚类详情页支持以卡片、列表的形式查看,默认展示卡片页面,用户可自行切换。 支持收藏功能,单击按钮,即可收藏CPI预测结果,收藏后可直接在收藏夹页查看。 图3 查看聚类详细信息 查看作业信息页面。从作业结
MOL 3D Viewer Mol 3D Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。单击“功能模块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”,进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括: 本地分子结构的3D可视化,支持多种显示样式,支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。
参数确认无误后,单击页面上方“启动作业”按钮,可以直接基于该流程创建自动分析作业。 查看作业运行结果 自动作业运行完成后,在自动作业列表中单击数据表名称,跳转至对应的数据表中。在设置的状态更新列中,单击执行结果跳转至对应的分析作业,查看作业运行结果详情。 图7 查看作业运行结果 父主题: 作业管理
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
99个子结构,含有该子结构可能会对液体(包括水)造成毒性。 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 NonBiodegradable Rule: 19个子结构,含有该子结构可能会不可生物降解。 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配此
SDF、PDB、MOL2格式。 受体蛋白:受体蛋白文件,支持PDB格式。 图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking
“神农项目”是完全免费公开的新冠药物虚拟筛选数据库。在抗疫期间,为了寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式,华为云医疗智能体项目团队联合多家科研机构,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过8500个已上市、进入临床的小
of DatabaseColumnDto objects 数据库列信息列表 create_time String 创建时间 primary_key String 主键 is_prefab Boolean 是否是预置模板 表4 DatabaseColumnDto 参数 参数类型 描述
是否作为主键 searchable 是 Boolean 是否可查询 unique 是 Boolean 是否唯一 tips 否 String 查询参数格式的提示信息 最小长度:0 最大长度:1024 响应参数 状态码: 201 表5 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String
模板管理 从其他项目导入模板 上传模板 查询模板列表 创建模板 查询模板详情 删除模板 父主题: 数据库管理
d}/templates/{template_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id