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安全设置 当您需要对账号的安全信息进行设置时,可以在“安全设置”中进行操作。平台的任一用户均可对自己的邮箱、手机号码和密码进行修改。 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在“安全设置”中修改账号的安全信息。 图1 安全设置 如果创建平台用户时,未填写邮箱或手机号,则在进行安全设置时,会提示设置邮箱或手机号。
管理流程 流程创建成功后,您可以对流程进行编辑,删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程,单击操作列的“编辑”,进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改,您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页
作业管理简介 在作业中心页面,可以创建分子对接、分子优化、自由能微扰、合成路径规划功能的作业。 在“作业中心”页面,以列表形式展示了项目中作业的运行状态。您可以查看作业的名称、创建时间、运行状态、总时长、运行时长、已运行时间、预计还需时间。对于列表中的作业,支持通过作业名称、状态
新建流程 选择“工具>Nextflow”,单击“新建流程”。 填写流程基本信息。 名称:设置流程名称。名称长度为1-56,只允许出现中划线、下划线、字母和数字。 标签:选择流程标签,最多可添加5个。 描述:设置流程相关描述。 单击“下一步”,添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”,添加流程文件。
导入用户 盘古辅助制药平台支持把IAM子用户导入至平台子用户。通过导入已有子用户,增加用户使用的便捷度,方便用户维护账号。 使用管理员账户登录盘古辅助制药平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 在用户管理页面,单击“导入用户”,进入“导入用户”页面。 在导入用户页面,可以选择“用户”或者“用户组”进行导入。
使用Variant Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
创建作业 创建作业有以下几种不同的方式,您可以任选其中一种方式。 通过功能模块创建 通过作业中心页面创建 •新建作业 •克隆作业 通过“功能模块”创建 在“功能模块”页面,选择对应的模块,单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面,配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建
导入或上传镜像 镜像导入 镜像按照项目进行划分和管理,隶属于不同项目的镜像可以使用“镜像导入”,导入到本项目中,进行使用。 使用“镜像导入”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击项目名称,进入所选项目,并选择“镜像”,进入镜像管理页面。 单击
NGS流程简介 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅地提高了测序速度,有力推动了相关研究。目前,NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。
如何在Notebook中安装外部库 在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow-1
开通服务 本章节分别介绍开通医疗智能体平台API、开通药物设计和临床研究API的相关操作。 开通医疗智能体平台API 进入EIHealth控制台,购买医疗智能体平台成功后,医疗智能体平台API自动开通成功。 开通AI辅助药物设计和临床研究API 进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华东-上海一”。
制作并上传镜像 NGS流程由fastp、bwa-mem、picard-insertsize、qualimap-bamqc、gatk-markduplicates、gatk-bqsr、gatk-applybqsr、gatk-haplotypecaller、gatk-mergevcf
创建项目 您可以在“项目管理”页面创建一个新的项目。 在“项目管理”页面单击“创建项目”。 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称长度限制3-45,以小写字母数字开头结尾,全文包含数字、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目,不支持
新建作业 Nextflow作业依托于流程运行,需要您先新建流程,再基于流程创建作业。 选择“作业>分析作业>Nextflow”,单击“新建作业”。 设置作业参数。 作业名称:设置作业名称。名称长度为1-63,只允许出现中划线、字母和数字。 标签:设置作业标签。最多可以设置5个。 描述:作业描述。
欢迎使用医疗智能体服务 医疗智能体(EIHealth)平台是基于华为云AI和大数据技术优势,为基因组分析、药物研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。 平台为您提供高性能、高可靠性、高性价比的计算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行,提升医疗健康的服务能力和
获取项目ID 从控制台获取项目ID 在调用接口的时候,部分URL中需要填入项目编号,所以需要获取到项目编号。项目编号获取步骤如下: 登录管理控制台。 单击用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 在“API凭证”页面的项目列表中查看项目ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID
镜像管理简介 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台
Notebook安装Conda指导 打开Notebook,在“File”页签下选择“Terminal”。 图1 选择Terminal 下载和安装Anaconda。 获取Repository和Anaconda安装包。 Repository: https://repo.anaconda
虚拟药物筛选简介 虚拟药物筛选功能 医疗智能体平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果,生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象,用于可视化展示。
基本概念 账号 用户注册华为云时的账号,账号对其所拥有的资源及云服务具有完全的访问权限,可以重置用户密码、分配用户权限等。由于账号是付费主体,为了确保账号安全,建议您不要直接使用账号进行日常管理工作,而是创建用户并使用创建的用户进行日常管理工作。 用户 由账号在IAM中创建的用户