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--type -t 否 镜像类型,只支持APP或者NOTEBOOK。 --description -d 否 镜像描述。当描述中带有空格时,需要添加引号来获取完整的描述信息。 --chip -c 否 镜像芯片类型,只支持ARM或者X86。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
配体二选一。仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件,且只支持3D结构。 标记位点:3D可视化区域选择位点,再单击右侧标记位点的“+”添加。最多可添加50个生长位点。 单击下一步,配置其余参数 分子量:自适应和手动输入。自适应模式下平台根据药物分子的分子量分布进行分子设计。手动输入
以修改项目描述,退出项目。操作员可以退出项目。 删除项目后数据、作业会同步删除,删除项目不可逆,请谨慎操作。 成员管理 在成员管理页面可以添加或者移除访问该项目的成员。 图3 成员管理 数据审计 平台通过云审计服务(CTS)提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户
用docker images命令查看镜像是否pull成功。如果您本地已经有很多镜像,防止查询出全部镜像,可在docker images命令后面添加 | grep pegi3s使查询更精准。 查询fastqc软件命令。非常熟悉fastqc软件则可跳过此步骤。 复制上一步查找到的fastqc的id。利用docker
用、安全可靠的镜像管理。单击项目名称,进入所选项目,在“镜像”页签中,以列表形式展示了项目中的镜像。您可查看镜像的详细信息,执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如,您可将Cell Ranger软件
在“工具”中完成流程创建。 在“数据库”中完成样本集的数据库创建。数据库的每一行对应一个任务,如果满足触发条件,就会在平台自动运行,并在分析任务列表添加一条记录。 创建自动作业 在“作业”页面左侧,单击“自动作业”页签。 在页面左上角单击“新建自动作业”。 设置作业基本信息,包括“名称”、
是否删除原数据。如果选择删除原数据,系统会在归档完成后统一删除已归档数据。归档后的数据可在归档中心查看或恢复。 在归档过程中请不要对归档的文件或者文件夹进行添加、更改操作,以免造成您的数据损失。 选择归档数据 选择该项目下需要归档的数据。 单击“确认”,进行归档。 归档操作将记录在“归档”页面,您
理员或操作员权限。不同用户权限如表 用户权限所示。 表2 用户权限 用户角色 权限说明 管理员 拥有平台所有的权限,并进行用户管理,在平台添加子用户,以及对资源管理权限,包含有存储计算资源的购买和删除,自动扩缩容的策略配置权限。 操作员 拥有除用户管理、系统设置、设置商标、购买系统资源之外的所有权限。
对情况的计算评估,让研究人员可以同时从21个蛋白的角度,综合、无偏地评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。 本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。
activate py37 conda install -n py37 pandas 安装完成后,返回Notebook,然后使用新软件包。 参考信息 如何修复 “conda: command not found”? 当terminal第二次打开时,环境变量将被清理,因此我们需要再次初始化Anaconda配置。
单击鼠标右键,选择“链接另存为”,下载数据。 图6 下载数据 禁止/允许删除数据 您可以对某个数据设置禁止删除。设置禁止删除后,该目录只能添加数据,不支持删除数据。也可以通过“允许删除”取消禁止删除设置。 图7 开启禁止删除数据 支持设置最多15个数据的禁止删除状态。 如果平台或
和DESC,默认DESC,只有在--data参数使用时才生效。 --columns -c 否 当某个数据库实例列数非常多时,查看数据时会由于机器显示界面限制导致换行难以查看,添加此参数可以只显示想要查看数据的列名,多个列名用分号隔开(;),只有在--data参数使用时才生效。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
&& rm fastqc_v0.11.5.zip \ && chmod +x /FastQC/fastqc # 将FastQC添加到环境变量中 ENV PATH "/FastQC:$PATH" 按键盘Esc键,并执行:wq保存退出Dockerfile。 制作镜像。 docker
参数描述。取值范围:[0-255] enum: # type 为 ENUM 类型时需要添加enum选项 - test - test2 values:
score 优化后小分子的综合打分。 Vina Score1 分子优化如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序,Vina Score Top1分数。 Vina Score2 分子优化如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序,Vina
在上方单击“导出”,批量导出作业元数据信息。 图3 导出作业元数据 Task失败状态条显示说明 每个Task 状态条显示成三段:Task添加重试失败总时间、当前pod等待时间、pod运行时间。 第一段表示所有重试失败的总时间,第二段表示当前pod等待时间,第三段表示当前pod运行时间。
match node selector。该场景表示当前集群中无计算资源满足标签要求,用户可以进入系统资源页面,选择节点,通过标签管理给节点添加标签。 其他场景可以联系服务技术支持解决。 图4 购买计算资源 图5 设置计算节点标签 场景3 作业投递后显示运行成功,但是根据日志分析作业有报错,也未能正确输出相关信息。
参数描述。取值范围:[0-255] enum: # type 为 ENUM 类型时需要添加enum选项 - test - test2 values:
PDB格式。 每个分子卡片上会展示相应分子序号与对应的参数Vina Score、QED、SaScore Vina Score:代表分子如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序 QED:代表分子的成药性。 SaScore:代表合成可及性分数,旨在评估分子的合成难易程度。
可用区 选择可用区。 计算规格 选择计算节点类型及对应的规格。 系统盘 系统盘固定为40GB。 数据盘 默认为100GB,可以根据需要选择添加数据盘。 当系统盘和数据盘的总配额为3000GB时,如需增加,请联系管理员。 节点数上限 设置自动扩容的节点数上限。 取值范围为0-50。