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一个名称。同时,若想比较好的方式管理输出文件,也可以自行指定输出路径。 图6 新建作业 在作业页面添加好运行参数,添加方式与方式1相同。 配置好参数后,单击右上角“启动作业”按钮启动作业,同时会跳转回作业列表。 图7 作业列表 步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果 查看方法与方式1相同。
操作步骤 单击“操作”列“转移”。 图5 转移项目 选择项目交接的用户。 单击“确认”,转移项目。 设置项目存储容量 平台支持项目管理员以上角色,配置项目的最大存储量。 单击项目名称,在项目页面选择“设置”。 在项目详情页面,单击“已用存储量”后面的。 图6 设置存储容量 开启容量限制开关后,设置最大存储量。
”即可。流程中的每个process可以通过配置文件快速的定制并行执行的样本数目,大大节约了生信人员搭建组学分析流程的时间。 医疗智能体(EIHealth)平台集成了Nextflow框架,支持用户直接在医疗智能体(EIHealth)平台安装Nextflow。 父主题: Nextflow
单击“下一步”,设置角色。 角色:支持管理员和操作员两种角色,默认为操作员。权限描述可以参考表2。 用户资源配额:设置用户的个人资源配额。详细请参考个人资源配额。 配置完成后,单击“确定”。 等待导入成功后,单击“关闭”。可以在用户管理页面查看导入成功的用户信息。 导入的用户,不支持删除,只支持移除,移除后不影响该用户操作其他服务。
设置picard-insertsize输入数据 若是想查看已经设置好的参数,可以按照下图步骤进行查看,同时若发现指定的参数有问题,也可再此处进行删除参数。 图11 删除参数 配置好参数后变可以单击右上角“启动作业”按钮进行启动作业,同时会跳转回作业列表。 图12 作业列表 步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果 在
"summary", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "update_time" :
"demo-workflow", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "update_time" :
t}/v3/projects”,其中{Endpoint}为IAM的终端节点,可以从地区和终端节点获取。 响应示例如下,例如EIHealth部署的区域为"cn-north-4",响应消息体中查找“name”为"cn-north-4",其中projects下的“id”即为项目ID。 GET
"summary", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "update_time" :
图2 获取作业结果 同时,项目支持导出作业的元数据信息,包括以下内容。 作业的基本配置信息,以yaml文件导出,包含作业名称,依赖的workflow名称/版本,基本的CPU/Memory配置,输入输出参数等信息。 作业的运行信息,包括每个任务的启动、停止时间、运行状态,日志链接等。
ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称,取值范围:[5
计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。 超时时间:作
"demo-workflow", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "update_time" : "2021-01-30T02:53:26Z"
"demo-workflow", "description" : "description", "labels" : "labelA,labelB", "workflow_file" : "(binary)", "main_file" : "main.nf" } 响应示例 状态码:
"demo-job", "description" : "description", "labels" : "labelA,labelB", "workflow_id" : "caadcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 响应示例 状态码:
计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。 超时时间:作
式。 图2 输入分子 单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,如果需要设置靶点,并且将对接结合能作为一个约束条件进行优化,需要进行配置。最多可添加2个靶点。 如果不需要设置靶点,此步骤可以进行省略,如果设置了靶点,作业运行时间会加长。 图3 靶点设置 图4 Target1设置
e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "OPTIMIZATION", "create_time"
400 eihealth.01090018 Select a version or upload a file. 请选择一种安装方式:指定版本号或上传安装文件。 400 eihealth.01090019 The file name is too long. 检查文件名长度是否符合要求。
63e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "SEARCH", "create_time"