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镜像类型 支持系统镜像和自定义镜像。 工作环境 选择系统镜像时,工作环境选择“PY3”。 自定义镜像:当提供的镜像无法满足您的需求时,可以使用自己制作的Notebook镜像。镜像制作方法请参见镜像管理。
项目成员和权限 医疗智能体以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。
项目是存储数据、镜像、分析作业等的工作空间,执行删除用户操作时,只有在该用户名下没有项目时,才可以被删除。在用户的操作列,单击“删除”,删除对应的用户。 图1 删除子用户 移除子用户 导入的用户,不支持删除,只支持移除。移除后不影响该用户操作其他服务。
导入流程 导入流程是将隶属于其他项目中流程导入至本项目中,流程所依托的应用和镜像会同步导入。 使用“导入流程”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入流程”,进入导入流程页面。
--swr-endpoint -t 是 SWR镜像仓库地址。 获取方式: 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”,获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。
表1 fastp、bwa_samtools应用参数说明 应用名称和版本 应用名称:fastp 版本:0.20.1 应用名称:bwa_samtools 版本:0.7.17 镜像和启动命令 镜像:fastp:0.20.1 启动命令: fastp --fix_mgi_id -w 16 -
镜像管理 标签页面管理 导入镜像、更新镜像、创建镜像、删除镜像等相关操作API。 数据管理 数据管理 数据归档、数据管理等相关操作API。 数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。
否 String 镜像名 最小长度:1 最大长度:128 image_tag 否 String 镜像tag名 最小长度:1 最大长度:64 profile 否 String 系统镜像名 枚举值: PY3 响应参数 状态码: 201 表8 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id
如果上传的流程中包含镜像,单击镜像管理跳转至本项目的镜像管理列表,进行镜像上传,具体可参考导入或上传镜像。 图1 添加流程文件 添加完成后,单击“下一步”,配置流程参数。 添加参数方式支持两种,一种为单击进行添加,一种为单击进行添加。如果参数比较多,建议使用“上传参数”方式。
资产市场 资产市场简介 使用Variant Calling Based On NGS流程 使用Docking Summary流程 使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 使用AutoGenome镜像 genomeagent镜像 父主题: 用户指南(基因平台
--swr-endpoint -t 否 SWR镜像仓库地址。 获取方式: 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”,获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。
2021年8月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 资产市场,提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。 提供了数据库的创建、查询和管理能力。 支持药物虚拟筛选能力。 命令行工具迭代更新。 开放镜像管理类API。
String 实例名称 spec ComputingSpecDto object 规格信息 system_disk DiskDto object 系统盘 data_disks Array of DiskDto objects 数据盘 image ImageDto object 系统镜像
开发环境(Notebook) Notebook简介 创建Notebook Notebook常用操作 数据的上传和下载 自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题: 用户指南(基因平台)
平台由项目管理、数据管理、作业、工具、开发环境、镜像等核心部件组成,各个部件沉淀了丰富的技术细节和人性化的设计。 初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。
运行作业 方式1:使用预置的NGS流程 方式2:使用预置应用搭建NGS流程 方式3:自定义镜像运行FastQC流程
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
400 eihealth.01100018 CSS cluster named {0} has been deleted, please rebind the CSS cluster. 请重新绑定CSS集群。
项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。
项目管理 收藏管理 镜像管理 标签页面管理 项目审计管理 虚拟药物筛选 父主题: API(医疗智能体平台)