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JupyterLab是一个交互式的开发环境，是Jupyter Notebook的下一代产品，可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说，JupyterLab是开发者们下一阶段更主流的开发环境。JupyterLab支持
r Notebook使用文档。 支持的AI引擎 Notebook提供的AI引擎是Python 3，适配CPU/GPU芯片。 父主题： 开发环境（Notebook）
在制作自定义镜像时，您需要准备一台安装有Docker的机器。请使用自己的电脑搭建Docker环境，或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如，在Linux操作系统下，可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh
始只能是小写字母，结束只能是小写字母或数字。 描述 Notebook的简要描述。 镜像类型 支持系统镜像和自定义镜像。 工作环境 选择系统镜像时，工作环境选择“PY3”。 自定义镜像：当提供的镜像无法满足您的需求时，可以使用自己制作的Notebook镜像。镜像制作方法请参见镜像管
oks?offset=0&limit=10”，右侧展开代码行，在“url”行获取url链接，如下图所示。 图1 获取url 父主题： 开发环境（Notebook）
rminal界面。 图5 Terminal 例如，您可以执行wget命令在公开数据集中下载基因组测序数据。 图6 执行命令 父主题： 开发环境（Notebook）
~/.bashrc 测试安装。 conda -V 查看当前环境列表，并创建新环境参数。 conda env list conda create -n py37 python=3.7 输入“y”，按“Enter”继续。 切换到新环境。 conda activate py37 生成Notebook
会消失。例如，上传文件至Notebook的根目录下，该文件并不在被挂载的obs路径中，重启Notebook，该文件会消失。 父主题： 开发环境（Notebook）
查询镜像 使用health docker images命令查询项目中的镜像。 命令结构 health docker images [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --name -n 否 查询指定镜像名下的所有tag信息，支持模糊查找。 --type -t
下载镜像 通过health docker pull命令下载项目中的镜像。 命令结构 health docker pull <project-name>/<image-name>:<tag-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name
命令示例 Linux ./health docker update lmx-project-01/demo-image --type APP --description 'this is a demo' Windows health docker update lmx-project-01/demo-image
步骤1：搭建Docker环境 步骤2：制作镜像 步骤3：上传镜像 步骤4：创建应用 步骤1：搭建Docker环境 搭建Docker环境，您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中
步骤1：搭建Docker环境 步骤2：制作镜像 步骤3：上传镜像 步骤4：创建应用 步骤1：搭建Docker环境 搭建Docker环境，您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中
Ubuntu操作系统环境，里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 步骤1：新建fastqc镜像 在linux环境上配置docker环境。 curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 配置完成后，运行
health docker push bwa_samtools:0.7.17-1.10 health docker push picard-insertsize:2.23.3 health docker push qualimap-bamqc:2.0.0 health docker push
name> # 命令示例 health docker tag demo-image:v1.0 project-demo-image:v1.0 使用health docker push命令上传镜像。 # 命令结构 health docker push <image-name:tag-name>
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
升级和维护等工作，只需聚焦于科研工作，从而加快科研进展。 镜像 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境，里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 项目 项目是EI
简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言，它能够很好的管理生信流程，并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用，可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移，并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的
本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 health start notebook xxxx # 返回结果如下 start notebook xxxx successfully! 父主题： notebook命令
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