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如何获取AK/SK 如何搭建Docker环境? 如何制作镜像? 如何将生物信息学软件封装为镜像?
简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言,它能够很好的管理生信流程,并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用,可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移,并且能够保证结果的可重复性。
容器镜像服务(SWR) 容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)是一种支持镜像全生命周期管理的服务,提供简单易用、安全可靠的镜像管理功能,帮助您快速部署容器化服务。
EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》 配额管理”章节。
health docker rmi demo-image:v1.1 或 health docker rmi lmx-project-01/demo-image:v1.1 # 执行成功返回结果如下 untagged:lmx-project-01/demo-image:v1.1 父主题
health docker import lmx-project-02/demo-image-1:1.0 # 执行成功返回结果如下 import image succeesfully! 父主题: 镜像管理命令
作业中子任务没有返回正确的值,但是容器仍正常退出return 0,此时判定为子任务已正确执行。 实际上作业的子任务对应的就是K8S中的一个Pod,其返回状态就是Pod的phase映射,即容器以非0状态退出或者被系统终止会算做失败;容器return 0并且不再重启即算成功。
镜像 如何搭建Docker环境? 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传?
镜像管理 发布镜像 导入镜像 订阅镜像 更新镜像描述信息或者类型 删除镜像仓库 批量删除镜像tag 删除指定镜像tag 获取镜像列表 创建镜像 获取docker login指令 获取指定镜像的tag列表 父主题: 项目管理
pod_name String pod名称 submit String 提交时间 complete String 完成时间 duration Long 总时间 realtime Long 实际运行时间 cpu_percent Double cpu使用率 mem_percent Double
commands: # docker启动时执行命令 单行命令长度取值范围[0-256],不能包含中文字符,支持多行输入,最多支持300行。
获取方式: 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”,获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。 --iam-endpoint -m 是 IAM终端节点名称,请在地区与终端节点中获取。
task失败后的策略 exit Integer task退出状态码 work_dir String task执行路径 environment String task执行的环境变量值 module Array of strings 子任务运行环境列表 container String 容器名称
# docker启动时执行命令 单行命令长度取值范围[0-256],不能包含中文字符,支持多行输入,最多支持300行。
获取方式: 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”,获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。 --log-path -l 否 日志路径,不填写时默认为命令行工具当前路径下healthcli.log文件。
最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 image 是 String docker镜像地址 取值范围[5-255],不能包含中文字符 最小长度:5 最大长度:255 commands 是 Array of strings docker启动时执行命令 取值范围[1-300
最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 image 是 String docker镜像地址 取值范围[5-255],不能包含中文字符 最小长度:5 最大长度:255 commands 是 Array of strings docker启动时执行命令 取值范围[1-300
获取子任务中实例的pod信息 功能介绍 获取子任务中实例的pod信息 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/jobs/{job_id}/tasks/{task_name}/instances
URI DELETE /v1/{project_id}/drug/css-clusters/{css_cluster_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
获取方式: 登录容器镜像服务管理控制台。 单击界面右侧“登录指令”,获取内网登录指令末尾的SWR镜像仓库地址。例如100.78.15.50:20202。 --log-path -l 否 日志路径,不填写时默认为命令行工具当前路径下healthcli.log文件。