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在HPC集群上运行Intel MPI 操作场景 该任务指导用户在ECS集群(以CentOS7.3为例)上运行Intel MPI应用(l_mpi_2018.0.128版本)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。
什么是HPC-S² HPC解决方案服务 高性能计算(High-performance computing,简称HPC)是一个计算机集群系统,通过管理节点对计算任务进行分解,交给不同的计算节点进行计算,以此来解决大型计算问题。在科学研究、气象预报、仿真实验、生物制药、基因测序、图像处理等行业均有广泛的应用。
HPC简介 什么是HPC 高性能计算(High-performance computing,HPC)是一个计算机集群系统,它通过各种互联技术将多个计算机系统连接在一起,利用所有被连接系统的综合计算能力来处理大型计算问题,所以又通常被称为高性能计算集群。 HPC的业务特点 科学研究
选择“公共镜像”,并展开“镜像”的下拉框,选择所需的公共镜像。 私有镜像 用户基于外部镜像创建的个人镜像,仅用户自己可见。包含操作系统、SDI卡驱动、bms-network-config网络配置程序、cloud-init初始化工具以及用户的私有应用。 选择“私有镜像”,并展开“镜像”的下拉框,选择所需的私有镜像。
在HPC集群上运行社区OpenMPI 操作场景 该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行社区MPI应用(3.1.1版本)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。 操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。
社区OpenMPI 操作场景 本节指导用户安装和使用社区OpenMPI(以3.1.1版本的OpenMPI为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 安装HPC-X工具套件。 下载需要的HPC-X工具套件以及OpenMPI。 使用社区OpenMPI时,需要同时使用Mellanox的HPC-X
在HPC集群上运行IB驱动自带的OpenMPI 操作场景 该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行IB驱动自带的MPI应用(3.0.0rc6版本)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。 操作步骤 使
IB驱动自带的OpenMPI 操作场景 本节指导用户安装和使用IB驱动自带的OpenMPI(以版本3.0.0rc6为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 检查是否已安装IB驱动。 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。 执行以下命令,切换为root
通讯录安装 Udapl安装和测试 Udapl安装 cd /root wget https://linux.mellanox.com/public/repo/mlnx_ofed/4.1-1.0.2.0/SRPMS/dapl-2.1.10mlnx-OFED.3.4.2.1.0.41102
在HPC集群上运行Spectrum MPI 操作场景 该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行Spectrum MPI应用(IBM Spectrum MPI v10.1)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。
在HPC集群上运行Platform MPI 操作场景 该任务指导用户在ECS集群(以CentOS7.3为例)上运行Platform MPI应用(以版本platform_mpi-09.01.04.03r-ce为例)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。
配置ECS集群互相免密登录 操作场景 该任务指导用户在ECS集群上进行相关设置,并使其可以相互免密登录。仅支持在使用密钥登录弹性云服务器的情况下配置ECS集群互相免密登录。 背景信息 $:表示在普通用户下,执行相关操作。 #:表示在管理员用户下,执行相关操作。 普通用户切换至管理员用户,请使用命令sudo
HPC-S²应用场景与使用限制 HPC-S²应用场景 计算资源创建:HPC-S²支持一键式报价和一键式购买HPC集群,并在创建集群时自动部署所配置的调度器、域控制器以及运行时的依赖。 计算资源配置:HPC-S²支持计算资源的多种配置管理,包括集群管理、节点管理、扩容集群节点及资源状态查看等。
STAR-CCM+启动相关问题 STAR-CCM+使用OpenMPI启动时,命令中有"-x"和"--mca"导致启动失败 问题现象: STAR-CCM+使用OpenMPI启动时候命令中同时有"-x"和"--mca"会启动失败,OpenMPI不支持"-x"参数和"--mca"同时使用,报错如下图所示。
常见问题 为什么集群被删除后还在计费? 在部署/创建集群过程中出现某个节点未加入集群或者不存在需要怎么办? 集群云服务器节点创建完成,但在部署过程中失败了能否修复? 集群创建任务提交失败,提示“Insufficient EIP quota”怎么办? 集群创建提交失败,提示集群配额不足怎么办?
HPC断点续算计算方案 操作场景 在HPC领域很多应用本身是支持断点续算功能的,例如LAMMPS, GROMACS。同时HPC常用的调度软件也对断点续算有集成支持,如PBS、Slurm与LSF等。 本节以LAMMPS为例,介绍如何在HPC进行断点续算。 步骤1 安装FFTW 依次执行以下命令,安装FFTW软件。
STAR-CCM+安装与运行 安装STAR-CCM+ yum install libXt libXext libSM libX11 cd /root unzip siemens.star-ccm15.zip cd Siemens.STAR-CCM+15 tar zxvf STAR-CCM+15