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制作私有镜像 操作场景 对于已完成HPC配置的弹性云服务器,您可以将其作为模板制作私有镜像,便于快速创建集群。该任务指导用户怎样将Linux弹性云服务器转化为私有镜像,包括管理控制台方式和基于HTTPS请求的API(Application programming interface)方式。
LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich-332/lib 执行下列命令,导入环境变量。 $ source ~/.bashrc 执行下列命令,查看是否导入成功。 $ which mpirun 图2 MPICH环境变量导入成功 回显结果如图2所示,表示环境变量导入成功。 执行以下命令,在单个BMS上运行MPICH。
0rc6/bin export LD_LIBRARY_PATH=/usr/mpi/gcc/openmpi-3.0.0rc6/lib64 执行以下命令,导入配置的MPI环境变量。 # source ~/.bashrc 执行以下命令,查看MPI环境变量是否正常。 # which mpirun 图2
在HPC集群上运行IB驱动自带的OpenMPI 操作场景 该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行IB驱动自带的MPI应用(3.0.0rc6版本)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。 操作步骤 使
创建支持IB网卡的弹性云服务器 操作场景 您可以在几分钟之内快速获得基于公有云平台的弹性云服务器设施,并且这些设施是弹性的,可以根据需求伸缩。该任务指导用户如何创建支持IB网卡的弹性云服务器,包括管理控制台方式和基于HTTPS请求的API(Application programming
8.0.128/lib64 执行下列命令,导入环境变量。 $ source ~/.bashrc 执行下列命令,查看是否导入成功。 $ which mpirun 图2 Intel MPI环境变量导入成功 回显结果如图2所示,表示环境变量导入成功。 执行以下命令,在单个BMS上运行Intel
/2018.0.128/lib64 执行下列命令,导入环境变量。 # source ~/.bashrc 执行下列命令,查看是否导入成功。 # which mpirun 图2 环境变量导入成功 回显结果如图2所示,表示环境变量导入成功。 执行以下命令,在单个ECS上运行Intel MPI。
前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 操作步骤 安装Spectrum MPI。 获取IBM Spectrum MPI软件包,需要进行注册。 获取的IBM Spectrum MPI软件包有两个,包括license和软件两部分: ibm_smpi_lic_s-10.1Eval-rh7_Aug11
如果存在多个pkey,使用英文逗号隔开。 执行以下命令,检查环境变量是否配置成功。 # which mpirun 图3 Platform MPI环境变量导入成功 执行下列命令,在单个ECS上运行Platform MPI。 执行以下命令,重新编译hello.c文件。 # mpicc hello.c
HPC断点续算计算方案 操作场景 在HPC领域很多应用本身是支持断点续算功能的,例如LAMMPS, GROMACS。同时HPC常用的调度软件也对断点续算有集成支持,如PBS、Slurm与LSF等。 本节以LAMMPS为例,介绍如何在HPC进行断点续算。 步骤1 安装FFTW 依次执行以下命令,安装FFTW软件。
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi-310/lib 执行以下命令,导入配置的MPI环境变量。 $ source ~/.bashrc 执行以下命令,查看MPI环境变量是否正常。 $ which mpirun 图3
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi-310/lib 执行以下命令,导入配置的MPI环境变量。 $ source ~/.bashrc 执行以下命令,查看MPI环境变量是否正常。 $ which mpirun 图3
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi-311/lib 执行以下命令,导入配置的MPI环境变量。 # source ~/.bashrc 执行以下命令,查看MPI环境变量是否正常。 # which mpirun 图2
在HPC集群上运行社区OpenMPI 操作场景 该任务指导用户在已配置好的弹性云服务器上,运行社区MPI应用(3.1.1版本)。 前提条件 已成功创建带IB网卡的弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。 已使用私有镜像创建多个弹性云服务器。 操作步骤 使用“PuTTY”,采用密钥对方式登录弹性云服务器。
export MANPATH=$MPI_ROOT/share/man:$MANPATH unset MPI_REMSH 执行以下命令,查看环境变量导入是否成功。 # which mpirun 图3 查看环境变量 执行以下命令,在单个弹性云服务器上通过Spectrum MPI运行可执行文件。