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创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时，可以不选择导入的数据文件，建立空的数据库，后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库，在导入数据，需要参照数据库模板格式进行导入。
几种不同类型的归档，区别是什么 标准存储 标准存储访问时延低和吞吐量高，因而适用于有大量热点文件（平均一个月多次）或小文件（小于1MB），且需要频繁访问数据的业务场景。 适合高性能，高可靠，高可用，频繁访问场景。 归档存储 归档存储适用于很少访问（平均一年访问一次）数据的业务场景
获取应用yaml模板。 单击“上传应用”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get app -s命令获取创建应用的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 修改应用yaml模板。 在
获取流程yaml模板。 单击“上传流程”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 修改流程yaml模板。
在配置页面输入分子信息，及配置相关参数。 输入方式：支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子：只能绘制一个分子，能够输入分子的SMILES。 选择文件：选择分子文件，最多支持100万个小分子，且分子文件大小不超过2GB。支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式。文件来源包括数据中心和示例数据。 手动输入：
通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径，可以是zip或nf文件。 --name
在“作业”列表中，可单击作业名称查看作业信息和输入输出数据。 图8 查看作业信息 单击输出路径，可跳转至输出文件位置。html文件支持在线预览，zip文件可下载至本地查看。 图9 输出数据 图10 预览html文件 图11 获取zip文件 父主题： 运行作业
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据，可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台，在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题： 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选
您可以通过“上传靶点”，将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件，提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后，运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体： 将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。
修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片，进入上传文件页面。 在上传页面右侧，选择上传受体，上传配体，选择中心配体。 上传受体：受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体：配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件，且只支持3D结构。 选择参考配体：当前自由能微扰支持自动规
您可以通过“上传靶点”，将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件，提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后，运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体： 将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。
单击“合成路径规划”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，可以在左侧绘制分子，也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件：支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数：合成路径规划的路径数量。路径数量增加，将展示更多的合理合成路
受体信息解析 功能介绍 受体信息解析，如果有多个受体蛋白则只处理第一个，如果一个受体蛋白里结合了多个配体，则最多只处理前10个。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/info
String 文件URL，用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。
请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 receptor 是 ReceptorDto object 受体文件。 ligand 是 DrugFile object 配体文件。 engine 否 String 引擎，默认为AUTODOCK_VINA。 缺省值：AUTODOCK_VINA
v0.11.5 方法2：通过Dockerfile制作FastQC镜像。 执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。 FROM ubuntu:16.04 # FastQC依赖java运行，需安装java环境。安装执行下载、解压缩的软件包 RUN apt-get
场景7 同时复制多个文件，日志中显示cp: will not create hard link相关错误信息 图13 输入输出参数信息 图14 应用信息 图15 失败日志信息 排查思路 检查作业是否存在文件或目录类型的输入参数，并且未开启并发，同时改输入参数还填入了多个值，并且路径存在包含关系，如上图所示。
是否必选 参数类型 描述 source 否 String 文件来源，仅支持RAW。 最小长度：1 最大长度：6 format 否 String 文件格式，仅支持CIF。 最小长度：1 最大长度：6 data 是 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。 最小长度：0 最大长度：10000000
创建药物作业基本信息。 receptor 是 TargetOptReceptor object 受体文件。 ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。 表4 CreateDrugJobBasicInfo
v0.11.5 方法2：通过Dockerfile制作FastQC镜像。 执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。 FROM ubuntu:16.04 # FastQC依赖java运行，需安装java环境。安装执行下载、解压缩的软件包 RUN apt-get
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