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hostfile /home/rhel/hello 图2 集群上运行社区OpenMPI成功 hostfile文件在运行时需要指定路径,可执行文件hello路径需为绝对路径,集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题: 在HPC集群上运行MPI应用(鲲鹏BMS场景)
确认关闭防火墙成功 依次登录集群中所有BMS,重复执行步骤1.2~步骤1.3,关闭所有BMS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台BMS, 执行以下命令,添加hosts配置文件。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名,例如: 192.168
c,关闭所有BMS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,查看BMS的主机名。 $ hostname 图2 查看BMS的主机名 依次登录集群中所有BMS,重复执行1.b~2.b,获取所有BMS的主机名。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,添加hosts配置文件。 # vi
修改Makefile文件01 图2 修改Makefile文件02 执行以下命令,编译lammps,并将当前目录生成的lmp_mpi文件拷贝至“/share”目录。 make mpi 步骤3 配置lammps 算例输入文件。 以melt为例,生成一个算例melt.in文件。设置每迭代10
有镜像。 创建私有镜像 云硬盘(EVS) 购买云硬盘并挂载至HPC场景的云服务器。 购买云硬盘 弹性文件服务(SFS) 为用户的弹性云服务器提供一个完全托管的共享文件存储。 文件共享 父主题: 产品介绍
执行以下命令,防止系统超时退出。 # TMOUT=0 将BMS对应的密钥文件(.pem文件)拷贝至.ssh目录下,命名为“id_rsa”。 $ cd ~/.ssh $ mv *.pem id_rsa 执行以下命令,给密钥文件配置权限。 $ sudo chmod 600 id_rsa 执行
执行以下命令,防止系统超时退出。 # TMOUT=0 将ECS对应的密钥文件(.pem文件,假设为*.pem)拷贝至.ssh目录下,命名为“id_rsa”。 $ cd ~/.ssh $ mv *.pem id_rsa 执行以下命令,给密钥文件配置权限。 $ sudo chmod 600 id_rsa
MPI运行可执行文件。 假设hello.c文件在“/home/rhel/”目录下,生成的可执行文件名为hello,执行以下命令: $ cd /home/rhel/ $ mpicc hello.c -o hello 执行以下命令,在单个BMS上通过Spectrum MPI运行可执行文件。 $
MPI_Finalize(); } $ mpicc hello.c -o hello 不同版本的MPI运行的hello文件是不同的,都需要使用命令mpicc hello.c -o hello对hello.c文件重新编译。 执行以下命令,在单个BMS上运行社区OpenMPI。 $ mpirun -np 2
} $ mpicc hello.c -o hello 不同版本的MPI运行的hello文件是不同的,都需要使用命令mpicc hello.c -o hello对hello.c文件重新编译。 执行以下命令,在单个BMS上运行社区OpenMPI。 $ mpirun -np 2
# which mpirun 图3 查看环境变量 执行以下命令,在单个弹性云服务器上通过Spectrum MPI运行可执行文件。 执行以下命令,编辑文件。 # cd # vi hello.c 编辑内容如下: #include<mpi.h> #include<stdio.h> int
对象存储服务(OBS) 是一种基于对象的海量存储服务,为用户提供海量、低成本、高可靠、高安全的数据存储能力。 弹性文件服务(SFS) 为用户的弹性云服务器提供一个完全托管的共享文件存储,符合标准文件协议( NFS ),能够弹性伸缩至PB规模,具备可扩展的性能,为海量数据、高带宽型应用提供有力支持。
为确保集群能正常创建/部署,需保证安全组规则22端口开放。具体配置方法请参见:为安全组添加安全组规则 一站式HPC服务使用弹性文件服务SFS作为文件共享存储,更多关于弹性文件系统的信息,请参见《弹性文件服务用户指南》。 操作步骤 登录HPC-S²控制台。 单击管理控制台左上角的,选择区域和项目。 单击“购买HPC集群”。
009_01_linux-x86_64-2.12_gnu7.1-r8.sh # 从STAR-CCM+官网买的正版软件中获取license,将license.dat文件放到/opt/Siemens 中 echo “export CDLMD_LICENSE_FILE=/opt/Siemens/license
执行mount -a 备注: 192.168.0.15:/ 是从sfs turbo console中获取到的挂载的路径。 第1个1表示备份文件系统,第2个1表示从/分区的顺序开始fsck磁盘检测,0表示不检测,_rnetdev 表示主机无法挂载直接跳过,避免无法挂载主机无法启动。
HPC简介 什么是HPC 高性能计算(High-performance computing,HPC)是一个计算机集群系统,它通过各种互联技术将多个计算机系统连接在一起,利用所有被连接系统的综合计算能力来处理大型计算问题,所以又通常被称为高性能计算集群。 HPC的业务特点 科学研究、气
可选配置,如需使用“高级配置”中的功能,请单击“现在配置”。否则,请单击“暂不配置”。 文件注入 可选配置,主要用于创建弹性云服务器时向弹性云服务器注入脚本文件或其他文件。配置文件注入后,系统在创建弹性云服务器时自动将文件注入到指定目录下。 用户数据注入 可选配置,主要用于创建弹性云服务器时向弹
环境变量导入成功 回显结果如图2所示,表示环境变量导入成功。 执行以下命令,在单个ECS上运行Intel MPI。 执行以下命令,重新生成可执行文件。 # cd # mpicc hello.c -o intel_hello 执行以下命令,在单个ECS上运行Intel MPI。 # mpirun
MPI环境变量导入成功 回显结果如图2所示,表示环境变量导入成功。 执行以下命令,在单个BMS上运行Intel MPI。 执行以下命令,生成可执行文件。 $ mpicc hello.c -o hello 执行以下命令,在单个BMS上运行Intel MPI。 $ mpirun -np 2 /home/rhel/hello