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个应用组成,流程中的各个应用由其前后顺序关系形成数据流,前序应用为后序应用提供输入。医疗智能体基因组分析平台为您提供了多种分析流程,帮助您快速完成分析任务。 Notebook Notebook是一个交互式应用程序,提供开发调试、代码运行、文档编写和结果展示等功能。Notebook
Notebook使用文档,下方工具栏提供了常用的功能,能够满足常见的Python运行文件编写。 3 工具栏 工具栏罗列了支持的常用快捷操作,从左到右分别为:保存文件、添加新Cell、剪切选中的Cell、复制选中的Cell、粘贴选中的Cell、将选中Cell上移、将选中Cell下移、运行选中的Cell、终止k
如下公共消息头需要添加到请求中。 表3 公共请求消息头 参数名 说明 是否必选 示例 Content-type 消息体的类型(格式),默认取值为“application/json”。 是 application/json 例如,对于获取用户Token接口,由于不需要认证,所以只添加“Con
根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,并且依托云端大算力实现超大规模筛选和成药性分析,从成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物,从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚拟筛选以项目成员为粒度进行资源的隔离和访问控制,不同成员角色对数据库的操作权限请参见成员角色和权限。
2g,则低优先级的会先投递。但是两者都是1.8u1.8g,高优先级的先投递。 图1 新建作业 单击“确定”,进入启动作业页面。 (可选)在启动作业页面,可以通过,添加作业相关参数。 上传参数的模板可以通过单击进行下载。 如果流程设置了参数,作业上传的参数将会覆盖流程设置的参数。 单击“启动作业”。 父主题:
上传失败可能原因 镜像命名不规范 镜像版本不存在 上传镜像数量超出配额 待上传项目不存在 对于--description 参数,当描述中带有空格时,需要添加引号来获取完整的描述信息。 父主题: 镜像管理命令
--type -t 否 镜像类型,只支持APP或者NOTEBOOK。 --description -d 否 镜像描述。当描述中带有空格时,需要添加引号来获取完整的描述信息。 --chip -c 否 镜像芯片类型,只支持ARM或者X86。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。
135],正则先不能有中文,两种格式。特殊id,采用{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景; # 其他场景,app_id为系统分配的唯一标识
镜像封装,应用可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。 您可以在项目的应用列表中,查看隶属于该项目的应用,也可以通过搜索应用名称快速查找所需应用。应用列表展示了应用的名称、版本、创建者、修改时间、创建时间和可执行的操作。 详细的应用创建和使用请参见工具管理。 创建应用
以修改项目描述,退出项目。操作员可以退出项目。 删除项目后数据、作业会同步删除,删除项目不可逆,请谨慎操作。 成员管理 在成员管理页面可以添加或者移除访问该项目的成员。 图3 成员管理 数据审计 平台通过云审计服务(CTS)提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户
用、安全可靠的镜像管理。单击项目名称,进入所选项目,在“镜像”页签中,以列表形式展示了项目中的镜像。您可查看镜像的详细信息,执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如,您可将Cell Ranger软件
在“工具”中完成流程创建。 在“数据库”中完成样本集的数据库创建。数据库的每一行对应一个任务,如果满足触发条件,就会在平台自动运行,并在分析任务列表添加一条记录。 创建自动作业 在“作业”页面左侧,单击“自动作业”页签。 在页面左上角单击“新建自动作业”。 设置作业基本信息,包括“名称”、
该命令不支持将数据上传到引用目录。 最小可以上传0Byte的空文件或文件夹,最大可以上传48.8TB的单个文件。 数据在上传的过程中,受网络影响可能出现损坏,上传命令默认会在上传完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。
是否删除原数据。如果选择删除原数据,系统会在归档完成后统一删除已归档数据。归档后的数据可在归档中心查看或恢复。 在归档过程中请不要对归档的文件或者文件夹进行添加、更改操作,以免造成您的数据损失。 选择归档数据 选择该项目下需要归档的数据。 单击“确认”,进行归档。 归档操作将记录在“归档”页面,您
理员或操作员权限。不同用户权限如表 用户权限所示。 表2 用户权限 用户角色 权限说明 管理员 拥有平台所有的权限,并进行用户管理,在平台添加子用户,以及对资源管理权限,包含有存储计算资源的购买和删除,自动扩缩容的策略配置权限。 操作员 拥有除用户管理、系统设置、设置商标、购买系统资源之外的所有权限。
唯一标识处理规则如下: # 1. 特殊id,采用{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景 # src_project_name在使用导入or订阅的资源是需要填写,为空表示本项目 # 2. 其他场景,app_id为系统分配的唯一标识
135],正则先不能有中文,两种格式。特殊id,采用{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景; # 其他场景,app_id为系统分配的唯一标识
AutoGenome AutoGenome为Notebook镜像,是一个利用AutoML等技术帮助科研工作者在基因组学数据上端到端实现深度学习网络搜索,训练,评估,预测和解释的工具包。 数据 人基因组数据 GRch38-reference数据集为人类基因参考基因组,广泛用于人类基因组
135],正则先不能有中文,两种格式。特殊id,采用{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景;其他场景,app_id为系统分配的唯一标识 最小长度:1 最大长度:135 display_name 否 String 流程的子任务展示名称,最大长度64
135],正则先不能有中文,两种格式。特殊id,采用{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景;其他场景,app_id为系统分配的唯一标识 最小长度:1 最大长度:135 display_name 否 String 流程的子任务展示名称,最大长度64