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情况的计算评估,获取的结合能信息均公开在“神农项目”中。 图1 “神农项目”药物虚拟筛选数据库 图2 数据库模板 药物配体注释信息数据库 数据库呈现了“神农项目”中8500多种药物的注释信息。包含了药物在DrugBank数据库中的ID、药物通用名称、分类、化学式、SMILES结构式、标签和成药性相关的信息。
导入用户 EIHealth平台支持把华为云的IAM子用户导入至平台子用户。通过导入已有子用户,增加用户使用的便捷度,方便用户维护账号。 IAM用户导入只支持使用Domain用户导入。 使用管理员账户登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 图1 用户管理 在用户管
扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》 配额管理”章节。
医疗智能体平台提供了REST(Representational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读
对情况的计算评估,让研究人员可以同时从21个蛋白的角度,综合、无偏地评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。 本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。
-download 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128
None 医学文本标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行数据管理和标注 07:08 医学文本管理和标注 医疗智能体 EIHealth 使用ModelArts进行团队标注 05:44 医学文本团队标注 药物虚拟筛选 医疗智能体 EIHealth 药物虚拟筛选
选择需要引用的项目以及项目中的应用,选择应用的版本。“导入应用名称”是选填项,可以使用原有名称,或自定义。 图2 导入应用 单击“确定”,导入应用,导入过程中可以查看每个应用的导入状态。 父主题: 工具管理
方法,导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 分析流程通
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错
是否主键 主键用于唯一地标识数据表中的信息,可通过设置复合主键将数据表中的多个数据设置为唯一,主键至多设置10个。 允许为空 主键所包含的列不允许设置为空。当数据库中某些数据允许没有值时,可设置为空。 是否可查询 依据模板中定义的列信息,给出数据库中可进行查询的数据,可查询至多设置10个。
每个约束所占的权重,会在每一轮的分子生成迭代中,根据所满足的约束来进行动态调整。比如说约束条件1,在分子生成迭代中比较容易满足,那么该条件的权重会降低,如果不容易满足,该条件的权重会升高。 如果需要设置官能团的约束,可以在约束条件中设置“Substructure”,然后选择“包
加,作业运行时间延长;搜索时间减少,可能会有部分合理路径未能开始搜索。默认值30min,取值范围5-60。 每个产物最大反应数量:合成路径中每一个中间产物最多有多少种可能的反应,按照反应置信度从高到低排序。最大反应数量增加,每个中间产物的可搜索反应范围数量增加,作业运行时间延长;
2,aa`;`aaa:4444`,因为与上述要求的格式冲突,暂时不支持操作。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
、批量重试、批量导出。 作业执行状态如下所示。 等待中:作业创建成功,等待处理中。当作业在等待中,task状态全是unknown,时间条显示灰色。 运行中:作业创建成功,执行中。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。“运行中”的作业允许取消、克隆。 成功:作业运行成功。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。
步骤2:新建流程 在“工具 > 流程”页面,单击“新建流程”按钮,填写流程名称,版本等信息。 图3 新建流程 利用拖拽的方式将左侧边栏应用列表中的需要执行的应用拖拽到中间画布上,这里我们将fastp,bwa-mam,bamqc,picard-insertsize算法拖拽到中间画布上。
件名包含特殊字符,将不支持下载,可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务,您可以在“数据作业”中查看任务的执行状态。同时,平台针对该类任务支持您在“数据中心 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面,支持通过作业类