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如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下，单击右上角“Open JupyterLab”，然后选择“Terminal”，进入Terminal界面。 图1 Terminal
-s命令获取启动分析作业的模板。依据模板要求，将步骤3中获取到的NGS作业信息和workflow-id填充至模板中，修改好的配置文件示例请参见NGS配置文件示例。 请将该模板保存为.yaml格式至本地，并在本地完成模板修改。例如，命名为ngs.yaml。 编写执行脚本并提交作业 运行分析作业时，流程中的每一个应用称之
筛选。 单击“分子对接”功能卡片，进入分子对接受体预处理页面，单击上传受体文件，进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式，若文件中存在多个受体，默认只处理第一个。受体文件支持上传1个或者多个文件，最多支持输入20个受体文件，文件来源包含数据中心、PDB库、示例数据。 图1
"datapath"}}。 同时，输入参数可以设置多个参数值。例如： --input-file D:\data\data.txt # 本地文件中的内容需为json格式，示例如下。 # 同一个input参数，有多个参数值时，需使用;分隔。 { "task1":{ "data-01":"projectname:/test
64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度：5 最大长度：64 labels 否 Array of strings 标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。 最小长度：1
安装容器引擎 容器引擎是一个开源的引擎，可以轻松的为任何应用创建一个轻量级的、可移植的、自给自足的容器。 容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装，用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境，或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。
地盘加速时，需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速，使用OBS桶中数据用于本地盘加速，可能会导致作业运行失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时，当数据大于40G时作业会投递失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时，作业将数据copy至云硬盘后，数据变大了4096byte，导致作业投递失败。
是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数
source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据
场景5：并发投递多个作业后，部分作业运行失败，日志中显示IO读写相关错误。 场景6：作业投递后运行失败，日志显示File name too long。 场景7：同时复制多个文件，日志中显示cp: will not create hard link相关错误信息。 场景1 作业投递后处于运行中，运行过程正常，但是最后超时失败。
应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时，需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如，设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时，首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照Fa
ebook中的数据和OBS中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据，会同步到Notebook中，Notebook中的操作也会同步到OBS中，如图2所示。 图2 通过OBS同步数据 “Upload”上传数据大小受限时，您可以通过以下多种方式将文件上传到OBS中，通过OBS与Notebook进行数据同步。
abc1.txt 递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹（包含src文件夹本身）至本地data路径，且下载过程中不进行询问提示。 health download /src/ D:\local\data -r -f 递归下载项目中src文件夹中的所有文件和文件夹（不包含src文件
{task_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。 最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度：1 最大长度：128
3. 搭建流程 4. 执行分析作业 常见问题 了解更多常见问题、案例和解决方案 热门案例 AK/SK是什么？如何获取AK/SK 如何搭建Docker环境？ 如何制作镜像？ 如何将生物信息学软件封装为镜像？ 更多 远程登录 应用容器化改造介绍 应用容器化改造流程 步骤1：对应用进行分析
步骤3：创建fastqc应用 上一步骤中，已经将fastqc镜像上传至平台，本步骤使用fastqc镜像创建应用。 进入“工具 > 应用”界面。 图2 进入应用界面 单击“新建应用”，创建fastqc应用。 图3 设置镜像名称、版本等信息 镜像启动命令如下所示。镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量，并以大括号{}扩起，以$符号进行引用。
source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据
token 响应参数 状态码： 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 status String 异步任务的状态：等待中、运行中、已完成、失败 枚举值： waiting running finished failed task_data CpiTaskData object
几种不同类型的归档，区别是什么 标准存储 标准存储访问时延低和吞吐量高，因而适用于有大量热点文件（平均一个月多次）或小文件（小于1MB），且需要频繁访问数据的业务场景。 适合高性能，高可靠，高可用，频繁访问场景。 归档存储 归档存储适用于很少访问（平均一年访问一次）数据的业务场景
source String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。 枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据
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