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创建FastQC应用样例 - 医疗智能体 EIHealth
步骤3:上传镜像 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。
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Nextflow - 医疗智能体 EIHealth
Nextflow 简介 安装/卸载Nextflow 新建流程 管理流程 新建作业 管理作业 约束限制 作业执行失败排查思路 父主题: 用户指南(基因平台)
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Nextflow引擎生命周期管理 - 医疗智能体 EIHealth
Nextflow引擎生命周期管理 安装Nextflow 查询Nextflow配置详情 卸载Nextflow 清理Nextflow缓存 查询Nextflow版本列表 父主题: Nextflow接口
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镜像管理 - 医疗智能体 EIHealth
镜像管理 镜像管理简介 导入或上传镜像 安装容器引擎 获取镜像 制作Docker镜像 上传镜像到SWR镜像仓库 发布镜像 父主题: 用户指南(基因平台)
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开发环境(Notebook) - 医疗智能体 EIHealth
开发环境(Notebook) Notebook简介 创建Notebook Notebook常用操作 数据的上传和下载 自定义镜像创建Notebook样例 JupyterLab简介及常用操作 url获取方法 Notebook安装Conda指导 父主题: 用户指南(基因平台)
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获取并使用命令行工具eihealth-toolkit - 医疗智能体 EIHealth
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1:获取认证信息 步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:查看与执行操作命令
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基本概念 - 医疗智能体 EIHealth
Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 镜像 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。
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简介 - 医疗智能体 EIHealth
流程中的每个process可以通过配置文件快速的定制并行执行的样本数目,大大节约了生信人员搭建组学分析流程的时间。 医疗智能体(EIHealth)平台集成了Nextflow框架,支持用户直接在医疗智能体(EIHealth)平台安装Nextflow。 父主题: Nextflow
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方式3:自定义镜像运行FastQC流程 - 医疗智能体 EIHealth
Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 步骤1:新建fastqc镜像 在linux环境上配置docker环境。
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步骤3:初始化配置 - 医疗智能体 EIHealth
--obs-install-path -q 否 设置obsutil安装路径,默认安装在当前运行目录。
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制作并上传镜像 - 医疗智能体 EIHealth
要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 下载bwa和samtools软件。
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虚拟药物筛选简介 - 医疗智能体 EIHealth
同时,所有筛选结果均已在“神农项目”平台(https://shennongproject.ai/)公开,药物研发人员可在多种终端浏览器查看靶蛋白和药物的3D结合结构以及计算评分,无需安装任何专业的结构生物学软件。
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获取供应商配置 - 医疗智能体 EIHealth
父主题: 系统配置和供应商配置
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获取跨域归档配置 - 医疗智能体 EIHealth
父主题: 系统配置和供应商配置
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设置供应商配置 - 医疗智能体 EIHealth
父主题: 系统配置和供应商配置
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步骤3:初始化配置 - 医疗智能体 EIHealth
步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。
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查询系统配置列表 - 医疗智能体 EIHealth
父主题: 系统配置和供应商配置
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获取作业配置 - 医疗智能体 EIHealth
父主题: 作业清理配置
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设置作业配置 - 医疗智能体 EIHealth
父主题: 作业清理配置
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系统配置和供应商配置 - 医疗智能体 EIHealth
系统配置和供应商配置 查询系统配置列表 获取供应商配置 设置供应商配置 获取跨域归档配置 修改跨域归档设置 父主题: 系统管理