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HTTP请求方法 方法 说明 GET 请求服务器返回指定资源. PUT 请求服务器更新指定资源。 POST 请求服务器新增资源或执行特殊操作。 DELETE 请求服务器删除指定资源,如删除对象等。 HEAD 请求服务器资源头部。 PATCH 请求服务器更新资源的部分内容。当资源不存在的时
k(在基础镜像中安装化学分子格式转换工具Open Babel),详细步骤如下所示: 步骤1:安装容器引擎 步骤2:获取Notebook基础镜像 步骤3:制作并上传镜像 步骤4:创建并使用Notebook 步骤1:安装容器引擎 在制作自定义镜像时,您需要准备一台安装有Docker的
靶点口袋发现 靶点口袋发现实现全新元动力学算法,高效遍历柔性蛋白表面,找到潜在口袋位置。 单击“靶点口袋发现”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,选择靶点文件、探针文件,配置相关参数信息。 靶点文件:支持PDB格式文件。 探针文件:探针分子建议原子数不超过400,分子量过大可以通过增大探
048。 图2 靶点配置选择文件 输入PDB ID,最多输入100个PDB ID,用逗号或换行方式隔开;不区分大小写;如果输入多聚体靶点,仅解析第一条链;每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图3 靶点配置输入PDB ID 在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。
--yaml -y 否 获取任务实例详情时,以yaml格式输出任务实例详情(默认json格式)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装,安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
节点存储:建议选择“超高I/O”。 单击下一步“网络配置”。 图3 节点 网络配置:输入管理员密码,公网访问选择“自动绑定”,单击“下一步高级配置”。 图4 网络配置 单击“下一步:高级配置”,在弹窗里单击“确认”。 图5 确认 高级配置。 图6 高级配置 确认配置,无误后单击“立即创建”,即可完成购买。
与example.ipynb内容基本相同,为python脚本形式示例。 配置eihealth-toolkit(见example.ipynb中配置提示,需要添加config以及切换到当前目录)。 初始化配置请参考步骤3:初始化配置章节。 切换项目,请参考切换项目,运行成功时会提示: health
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型,根据给定的目标分子,可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片,进入配置页面。 在配置页面,可以在左侧绘制分子,也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件:支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。
流程创建成功后,您可以对流程进行编辑,删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程,单击操作列的“编辑”,进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改,您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”,可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程文件后的“下载”,可下载该流程文件。
在“功能模块”页面,选择对应的模块,单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面,配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建 新建作业 单击“新建”,在新建作业页面选择对应的模块。 图1 新建作业 单击“确定”,在对应的模块页面配置详细信息,具体请参考功能模块。 克隆作业 克隆已有的作
或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面 输入小分子:可以通过输入SMILES、上传文件或者直接绘制输入小分子。最终以SMILES为准。
情况,直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称,会出现账号的相关操作,包括系统资源,系统配置等。注意这里只有管理员账号有系统资源,系统配置等操作,具体说明请参见用户管理。 图1 系统资源 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
图1 设置靶点优化配置页面 单击“下一步”,配置靶点优化配置参数。 MD引擎:仅支持GROMACS。 时间步长:MD模拟的时间步长,范围支持0<时间步长≤5fs,默认是2fs。 温度:MD模拟的温度,范围支持0<温度≤1000K,默认是300K。 配置MD的计算步骤 Energy
构相似的化合物聚成一类,从而找到有效骨架 ,辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片,进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式:选择文件和手动输入类型。 上传分子文件:选择可上传的分子文件。分子文件支持SMI格式文件;文件大小不超过5G;小分子支持10-10
从头生成:通过指定的口袋从头生成小分子。 选定设计方式后,上传靶点结构,并配置其他参数。 图1 查看配置页面 靶点结构:选择靶点结构文件,仅支持PDB格式。若文件中包含多个受体,则默认只处理第一个。 单击下一步,配置配体文件,支持选择原始配体与上传配体文件两种方式 选择原始配体:选择靶
project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 id 是 String 云服务器ID 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是
创建项目 新用户进入平台后需要自己创建项目,单击“创建项目”按钮,填写项目名称以及选择对应的数据保护策略,数据保护策略参考下面配置。 图1 创建项目 单击项目名称可进入到对应的项目中。 图2 进入项目
最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 quantity Integer 剩余服务器数 cpu Integer 剩余CPU ram Integer 剩余内存 请求示例 获取节点剩余配额 https://eihealth.cn-north-4
add_nodes_for_mem_rule 否 Integer 满足扩容策略中mem分配率时增加的节点数 最小值:1 最大值:50 响应参数 无 请求示例 更新扩容策略配置,更改名称为strategy_4vCPUS_8GB https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.c