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创建流程 功能描述 通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径，可以是zip或nf文件。
创建应用 使用create app命令引用本地的配置文件，创建应用。 命令结构 health create app [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的应用模板路径。获取应用模板方法请参见应用配置文件说明。 --description
创建流程 使用create workflow命令引用本地的配置文件，创建流程。 命令结构 health create workflow [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --yaml -y 否 本地的流程模板路径。获取流程模板方法请参见流程配置文件说明。
繁读写场景的任务建议开启IO加速，开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速：使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时，需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速，使用OBS桶中数据用于本地盘加速，可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
繁读写场景的任务建议开启IO加速，开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速：使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时，需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速，使用OBS桶中数据用于本地盘加速，可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地，此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中，受网络影响可能出现损坏，下载命令默认会在下载完成后，验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性，以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。 下载数据操作会产生流量费
String 内存物理规格描述信息 netcard_detail String 网卡物理规格描述信息 cpu_arch String 裸金属服务器的CPU架构类型 gpu_info String GPU信息 请求示例 查询计算资源规格 /v1/{project_id}/system/
获取作业模板 使用health get job -s命令获取启动分析作业的模板，复制并保存模板至本地，您可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 在本地编写模板，模板中的参数与在EIHealth平台启动作业过程一致。模板修改好后，再使用命令行工具上传模板，启动分析作业。
繁读写场景的任务建议开启IO加速，开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速：使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时，需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速，使用OBS桶中数据用于本地盘加速，可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
lse。 --vlength -v 否 上传完成后，验证桶中对象的大小是否与本地文件大小一致。 --vmd5 -M 否 上传完成后，验证桶中对象的MD5值是否与本地文件的MD5值一致。 如果待上传的本地文件较大，使用该参数将会因为计算MD5而导致整体性能下降。MD5值校验通过后，
简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言，它能够很好的管理生信流程，并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用，可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移，并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的
繁读写场景的任务建议开启IO加速，开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速：使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时，需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速，使用OBS桶中数据用于本地盘加速，可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
th）平台搭建，流程以fastq格式数据作为输入，对碱基的质量信息进行评估，判断可靠程度，通过质控、比对、变异检测等步骤，最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。 该案例介绍NGS的搭建步骤，涵盖镜像、应用、流程制作方法。用户也可以使用“资产市场”提供的已经搭建好的“Variant
项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。您可以创建项目，并向其中上传数据、搭建流程、创建分析作业，对项目中的资产进行管理，同时不同项目间的资产可以通过“引用”进行分享和协作。 查看项目详情 项目状态 在“项目管理”页面，您可以查看项目的数量和总存储量。
上传流程 通过在本地修改流程的yaml模板，上传流程至项目中。 获取流程yaml模板。 单击“上传流程”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或
镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”，进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括： 本地分子结构的3D可视化，支持多种显示样式，支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。 大分子支持PDB编号自动下载。 相互作用的可视化。 支持分子的编辑、标注。 测量、测量距离、角度、二角面等。
运行作业 方式1：使用预置的NGS流程 方式2：使用预置应用搭建NGS流程 方式3：自定义镜像运行FastQC流程
模型推理参数，预留参数接口，给需要调用的自部署模型用 # 请注意：您调用的第三方大模型API服务，其数据传输及处理可能涉及第三方服务器。本应用及平台不对第三方服务的内容、准确性、完整性及安全性承担任何责任。 # 请勿在使用过程中输入敏感、个人隐私或机密信息。使用本
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
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