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√ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 开发环境 创建、导入 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 启、停 √ √ √ - - 数据库 创建、导入、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ 药物虚拟筛选 创建、修改、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √
作业配置文件说明 流程创建完成后,可基于已创建的流程运行分析作业。 在EIHealth平台,运行分析作业的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于已获取到的模板使用命令行工具启动分析作业,运行的分析作业将同步显示到EIHealth平台。
购买存储套餐包 存储资源支持用户购买套餐包。存储资源包不能退订,不能抵扣已经产生的用量。您可以单击右上角“查询详情”,查看套餐包的具体使用量。 在平台右上角单击用户名,选择“系统资源”>“存储资源”。 在存储资源页面选择“套餐包”,单击“购买存储套餐包”。 图1 购买存储套餐包 填写套餐包的信息。
数据类型:File 必传:是 参数4 参数名称:fq-file2 数据类型:File 必传:是 参数5 参数名称:ref-file 数据类型:File 必传:是 输出参数 参数1 参数名称:fq-file1 数据类型:File 必传:是 默认值:/fastp_1.fq.gz 参数2
据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约 216MB。 docking summary测试数据 配体文件:小分子化合物SMILES结构式文件。 受体文件:蛋白3D结构PDB文件。 RNA-Seq测试数据及参考基因组数据集 RNA-Seq-Dataset数据集包含RNA-Seq分
加速效率:IO加速>本地盘加速>无 无:作业运行于OBS中,不使用加速。 IO加速:IO加速使用弹性文件服务(SFS)提供高性能的数据读写,作业运行时,会将非最终结果的数据存储在SFS中用以提高任务运行效率,作业执行完成后会清理释放SFS空间。对于涉及频繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。
utput error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。 解决方案 更改分析存储介质,例如使用更高性能的IO加速方案(SFS Turbo、EVS),如使用SFS Turbo加速,在投递作业时可以选择“IO加速”。
oad”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选
上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。 可以将应用拖拽至画布中,并进行编排创建。 可以将流程放置到画布中进行编排修改。 可通过“概览”展示流程的结构图。 可通过
数组长度:0 - 1000 has_more Boolean 文件中是否还有更多配体没有处理;即当前数量是否表示整个文件的配体数量,若该值为false则表该配体文件含有count数量个配体;若该值为true则表示改配体文件含有大于count数量个配体(即count不完全统计);例如
获取应用yaml模板。 单击“上传应用”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get app -s命令获取创建应用的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 修改应用yaml模板。 在
否 重命名,上传文件时可选。 --recursive -r 否 递归上传文件夹中所有的文件和子文件夹,上传文件夹时必选。 --force -f 否 强制操作,不进行询问提示,上传文件夹时可选。 --flat -l 否 上传文件夹时,只上传该文件夹下的所有内容,上传文件夹时可选。 --update
通过引用本地标准的workflow yaml文件创建workflow。 命令结构 health nextflow create workflow [params] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --workflow -w 是 本地workflow文件路径,可以是zip或nf文件。 --name
ref-file file 参考基因组序列。 variants-file file 变异检测软件(gatk4)生成的变异文件(vcf file)。 输出参数 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。 html-file file 以HTML文件的格式输出的质控报告。
开启多文件/文件夹上传模式,支持的值:[1, 2]。 如果msm=1则代表上传的URL是一组文件/文件夹列表(以英文逗号分隔)。如果文件/文件夹名本身包含英文逗号,请不要使用msm=1的模式。 如果msm=2则代表上传的URL是一个包含文件/文件夹列表的文件。 多文件/文件夹上传
数据管理简介 EIHealth平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、流程执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“导入数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
String 文件夹名称 最小长度:1 最大长度:2000 parent_folder 否 String 所在文件夹 最小长度:0 最大长度:2000 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 创建文件夹返回体 请求示例 创建文件夹,文
获取医疗平台信息 功能介绍 获取医疗平台信息 URI GET /v1/{project_id}/system/overview 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
参数类型 描述 file 是 MoleculeFile object 分子文件。 count 是 Integer 分子个数。 最小值:1 最大值:1000000 表6 MoleculeFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 文件来源,支持用户私有数据中心、公共数据和源数据。
输入参数 fastq-file1 file 二代测序fastq的Read1文件。 fastq-file2 file 二代测序fastq的Read2文件。 输出参数 fq-file1 file Read1过滤之后输出fq.gz文件。 fq-file2 file Read2过滤之后输出fq