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DrugJobDto object 作业基本信息。 receptor ReceptorDrugFile object 受体文件。 ligand ProbeDrugFile object 探针文件。 params PocketDetectionParamDto object 靶点口袋发现设置参数。 表4
为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 FastaReceptor object 受体文件。 preview_count 否 Integer 预览数量。 最小值:0 最大值:100 缺省值:1 count_limit
基础操作系统类镜像,如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像,如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像,如Tomcat、Mysql、Ngnix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。
source String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据
String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表8 TargetOptLigand 参数 参数类型 描述 file ProbeDrugFile
查询存储资源 功能介绍 查询存储资源 URI GET /v1/{project_id}/system/storage-resources 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
制作gatk-haplotypecaller镜像 在本地搭建Docker环境。 要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 编写Dockerfile制作gatk-haplotypecaller镜像。 执行vi Dockerfile命令,进入Dockerfile文件中,编写文件。 FROM broadinstitute/gatk:4
EditedLigand 参数 参数类型 描述 source String 文件来源,仅支持RAW。 最小长度:1 最大长度:6 format String 文件格式,仅支持CIF。 最小长度:1 最大长度:6 data String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000
上传小于1GB数据 上传数据 上传数据是最常用的添加数据功能,但由于网页传输大文件时存在一定的限制,所以上传数据的大小不能超过1GB。 图1 上传数据 复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。
String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表7 MoleculeFileDto 参数 参数类型 描述 file 表14-16
标签页面管理 导入镜像、更新镜像、创建镜像、删除镜像等相关操作API。 数据管理 数据管理 数据归档、数据管理等相关操作API。 数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。 应用管理 应用管理 导入应用、创建应用、获取应用详情、删除应用等相关操作API。 流程管理 流程管理
ken。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 ReceptorDrugFileReq object 受体文件。 remove_water 否 Boolean 去除水分子。 缺省值:false remove_ion
创建容器应用基本流程 05 实践 基于EIHealth平台,搭建NGS流程,流程以fastq格式数据作为输入,对碱基的质量信息进行评估,判断可靠程度,通过质控、比对、变异检测等步骤,最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。 基于二代测序的基因突变检测 NGS流程简介 操作步骤
-l 否 是否删除已归档数据(默认false)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --storage-type -s 否 归档的存储类型,支持STANDARD和COLD。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程。
是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数
参数 参数类型 描述 smiles String 分子SMILES表达式 databases Array of strings 搜索使用到的数据库集合 top_n Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) 最小值:1 最大值:1000 表5 SearchResult 参数
用户指南(盘古辅助制药) 欢迎使用盘古辅助制药平台 关键概念 准备工作 配额管理 系统设置 项目管理 功能模块 AI模型 自定义数据库 数据管理 作业管理 收藏夹 相关参数
受体蛋白文件。 ligand 是 ReceptorDrugFileReq object 配体小分子文件。 表4 RunReceptorPreprocessReq 参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 ReceptorDrugFileReq object 受体文件。 remove_water
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令,请在本地搭建Docker环境,要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目,需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker